朱由崧在洛阳蓄力的同时，一场大戏在北京开演了。javascript:;
万历四十五年正月十一日，朝廷各衙门尚未开衙办事，首辅方从哲便上疏万历建议丁巳京察于正月二十八日和二月二日分两期举行，但万历似乎已经从福王府左长史闫文清的案子中嗅到了党争的气味，将方从哲的奏疏留中不发。
迟迟得不到万历皇帝的回复，正月十五日，心急如焚的方从哲便再次上疏，以京察日期未定为由再次奏请前疏，但万历皇帝依旧留中不覆。
三党开始有些着急了，于是，正月二十日，署吏科事左给事中徐绍吉上疏奏请速发京察日期；正月二十五日，方从哲再请速发京察日期，万历一概置之不理。
二月十一日，方从哲以京察大计逾期，提议于本月二十五日，吏部大选（分派官职）后选定一日进行京察大计；二月十五日，方从哲以京察迫近有由，上疏建议二月二十八日进行京察大计；二月二十日，方从哲再度以前疏建议二月二十八日京察未获批示为由，奏请万历批示下发，万历仍然不予理会。
“京察大计是祖宗留下来的制度，陛下因何搁置？”在方从哲的府邸里，时任吏部尚书的郑继之一脸阴沉的说道。“怕是又在搞异论相搅的那一套了。”
方从哲点点头又摇摇头：“天官，陛下跟群臣斗了这么多年，自然有他的主张，不想一支独大，也是很正常的事，但陛下可以托，我们不可以拖。”
郑继之问道：“那元翁的意思是？”
方从哲阴恻恻的说道：“我们自己先把京察大计的架子给搭起来！”
郑继之一惊，声音有些沙哑的质问道：“逼宫？元翁，这可使不得啊！”
“有什么使不得的。”方从哲冷笑道。“陛下这么多年也倦了，想镇之以静，只要我们把事情办得利落，不起波澜，不惊扰圣驾，陛下自然是乐得顺水推舟的。”
郑继之提醒道：“真要这么做，可是有风险呢！”
方从哲反问道：“天官今年也八十有二了吧，这官还能做多久，总得为子孙考量一二吧。”
郑继之明白了，所以叹了口气：“好吧，大不了老夫这官就不当了，总不能让乡梓受制于东林这群自命清高之辈。”
方从哲扬身而起，冲着郑继之一礼：“多谢老前辈成全······”
三月初八，丁巳京察在未获万历批示下，由吏部尚书郑继之、刑部尚书兼署都察院事李鋕主持，考功郎中赵士谔、吏科署科事左给事中徐绍吉、河南道御史韩浚协理下举行。
原礼部主事丁元荐、原户部浙江司署郎中事陆大受、刑部郎中马德沣、刑部主事傅梅、原刑部郎中李俸、原户部郎中李朴等东林党人不出意外的都俱名列察疏之中。
当值的司礼监太监邓先怒不可遏的质问道：“方先生，你们这是要做什么！”
方从哲也不回邓先的话，只是跪在万历面前，进言道：“陛下，臣以为这些年来，东林以科道挟持政府、以卑官凌驾大臣、威逼陛下，几无人臣之道，若不整肃，难正朝廷纲纪啊！”
万历坐在那不说话，邓先窥视万历的神色，再次发声道：“说什么东林威逼陛下，难道你们现在不是在威逼陛下吗？”
方从哲回复道：“东林是**，浙、齐、楚是三党，以陛下之睿智，不难发现制三党易、服东林难，再者，天下就真的只有东林是正人君子、他人都是奸佞之辈了吗？难道这些官不都是陛下选出来吗？若都是奸佞，又岂不是再指责陛下用人不当，故意伤害圣名吗？”
邓先是已经投靠了东宫，但他与王安也不是一体的，所以一愣之下，倒也无言以对。
既然邓先没办法驳斥方从哲，万历便开口道：“朕知道了，方先生且回内阁稍候吧。”
方从哲叩头后退了出去，万历挣扎的从御座上站了起来，然后在邓先的搀扶下走了几步，只是还没有等万历走到乾清宫的后殿，他便决定道：“今天是孟珙在司礼监吧，让他把吏部的奏疏发给内阁。”
邓先立刻应道：“奴婢遵旨······”
接到司礼监发回的京察奏疏，身为独相的方从哲立刻把早已经拟定的罢免丁元荐等六人的呈文送往司礼监，司礼监随即批红后下发到中书舍人处，中书舍人随即根据批红拟写诏书，拟写完的诏书送往六科审核，已经被三党掌握的六科自然不会驳回相关旨意，如此一来，丁元荐等人便就此丢官罢职、斥为平民了。
但这件事到此还不算完，三月十三日吏科署科事左给事中徐绍吉、河南道御史韩浚以拾遗弹劾兵部尚书管都察院左都御史孙玮、吏部左侍郎兼翰林院侍读学士翁正春、原礼部署部事右侍郎孙慎行、顺天府府尹乔允升、原任吏部右侍郎兼翰林院侍读学士王图、原任国子监祭酒朱国祯、刑部河南司主事王之寀等东林党大僚，意图将东林党人一扫而净。
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