就在熊本之战的第二日，已经降服了对马宗家的北路舰队，从对马岛出发兵分两路，一路在郑芝龙的带领下扑向了平户，另一路则在荷兰人普特曼斯的带领下进攻了长崎。
这两处地方本就没有什么常备武力，而萨摩藩起兵更是让周边的兵力抽调一空，因此长崎奉行竹中采女很快就逃往了佐贺藩。不过当竹中采女抵达佐贺藩不久，熊本平原联军大败，熊本藩和萨摩藩联手的消息便传到了佐贺藩。
九州岛最为富庶的其实只有两个地方，一个是控制了对外贸易的长崎和平户，另一个便是拥有大片平原和水系的熊本藩。其他地区的大名其实都不富裕，这次为了抵抗萨摩军，基本上已经将老本都拿出来了。
熊本平原上各藩联军的覆灭，使得各藩实际上已经没有抵抗熊本-萨摩联军的力量了。而佐贺藩就更惨了，不仅藩中的精锐为之一空，连家主都被人俘虏了去。因此当竹中采女试图让佐贺藩出兵帮助他收复长崎、平户时，藩中的上下并无心理睬他，大家都忙着怎么让本家保存下去，并打听出家主是否还活着的事。
竹中采女在佐贺藩只待了两天就不得不继续跑路了，一来此地人心惶惶，对于帮助他收复长崎、平户并无心力；二来便是藩中不少人员对他的态度越来越冷淡，这让他担忧佐贺藩会倒向熊本-萨摩联军。
于是竹中采女再次逃亡，这次的目的地是此前没有出兵，在九州北部实力最为完整的福冈藩。
因为家主和首席家臣之间的内斗，幸运的逃过一劫的黑田家，此刻也处在一种侥幸和茫然的状态之中。
福冈藩和两个支藩相加，领地固然超过了50万石，但是在北九州联军已经被熊本-萨摩联军覆没的状况下，他们并不觉得自己能够抵挡得住熊本-萨摩联军的进攻。
不过福冈藩内虽然因为这一突然变故而缓和了内部矛盾，但是围绕着福冈藩接下来是继续抵抗熊本-萨摩联军，还是向联军低头的问题，又形成了两派意见。
栗山利章等信任幕府实力的家臣们，认为应该继续抵抗熊本-萨摩联军，直到幕府派出大军征讨九州为止。
而另外一部分家臣则认为，熊本-萨摩联军势力强大，九州北面的长州藩又同幕府敌对，在短时间内幕府根本不可能派出大军征讨九州，为了保存本藩的实力，不如先同联军虚与委蛇，表明中立的立场。
一直和栗山利章争斗不休的黑田忠之，虽然不敢公开支持中立派家臣的主张，但是他在暗中却是极力支持在幕府和联军中中立的意见的。
福冈藩上下于是陷入了一个纠结的两难选择，选择抵抗联军，当下福冈藩就要灭亡了；选择向联军屈服，那么事后又要被幕府所清算。
不过竹中采女带来的长崎、平户的沦陷消息，终于让家主黑田忠之下定了决心。明国和南蛮人的『插』手，使得九州岛已经成为了孤岛。
福冈城位于博多及那珂川之间的福崎丘陵上，城下町位于城池的北面，距离大海很近。这座城池虽然被称之为石城，但是为了消除幕府的戒心，前任藩主最终还是拆毁了城中的天守阁。
也就是说，福冈城其实和长崎一般，都是一座港口城市，既然明人和南蛮人同熊本-萨摩军联手，那么福冈城就面临着被海陆夹击的危险。
黑田忠之并不认为，有着明人和南蛮舰队相助的熊本-萨摩联军会输给幕府。于是他开始向家臣们表明了自己的态度，并要求竹中采女离开福冈城。
黑田忠之的倒戈，让竹中采女愤恨不已，但是幕府势力在九州的消退，让他无法对黑田忠之的行为作出任何反击，他只能离开福冈城，前往九州最北端的小仓藩。
栗山利章不能接受黑田忠之的决定，于是跟随竹中采女一起离开。但是当他们抵达小仓城不久，细川忠兴却下令抓捕了两人，然后将他们视为礼物送给了联军，作为小仓藩向联军彻底投靠的证明。
细川忠兴押着两人向联军投诚时，加藤忠广才带着9000军势跨过了筑后川，距离小仓藩还有百余里呢。
北路舰队在十一月十二日夺取长崎和平户之后，立刻在当地建立起了统治秩序。之所以能够这么快控制当地形势，除了900名全副武装的士兵之外，当地的华人和切支丹教徒也提供了极大的帮助。
普特曼斯虽然极想独自霸占长崎港，但是郑芝龙及葡萄牙人的牵制下，不得不认可了长崎、平户自治的原则。虽然被幕府驱逐过，但荷兰人在长崎还是拥有一定根基的，在自治会议上占据了大约40%的席位。
而华人和葡萄牙人支持的切支丹教徒同样占据了40%的议会席位，最后的20%席位则落入到了愿意和舰队合作的本地商人的头上。
郑芝龙对于这次行动也是心满意足，此次从长崎、平户中夺取的财富，有将近十分之一落入了他的口袋，而且他还接回了妻子田川氏和两个儿子一个女儿。
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