早就在阿飞赶来晓组织基地之前，长门与小南就暗自准备杀死他，不过却被隐藏的黑白绝察觉了他们的计划。
阿飞，也就是长门口中的宇智波斑，没等小南入场，便率先发难。他此行并非独身一人前来，干柿鬼鲛早早就在外面等着小南。
他迅速结印，低声道：“火遁·豪火灭却！”
一道滔天火浪向长门袭来。
长门伸出双手，利用轮回眼的力量将火焰吸收得一干二净。
他将双手对向阿飞，说道：“万象天引！”
阿飞在吸引力的作用下脱离地面，被迅速吸往长门所在的方向。
长门手持黑棒，等待阿飞自投罗网。就在长门手中的黑棒即将刺中阿飞身体，阿飞及时利用神威之术，摆脱了危机。
趁着近身的功夫，阿飞依次结出巳—子—辰—戌—寅印，道：“木遁·默杀缚之术！”
他的身体伸展出数根藤蔓，要将长门束缚住。一旦对方被藤蔓束缚住，此人将完全无法动弹，只能保持沉默，任由别人宰杀。
长门自然不可能束手就擒，他用双手抵住藤蔓，将其中的查克拉吸收走。很快藤蔓就失去了活力，那些已经束缚住自己的藤蔓被他轻轻一用力，就挣脱开了。
阿飞继续结子-辰-卯-寅印，道：“水遁·水龙弹！”
他从口中吐出一条水流，水流所形成的水龙从上而下冲击向长门。
长门依旧保持着吸收查克拉的姿势，只要是忍术，就都会被他这一招给克制住。
阿飞见此，觉得没有必要再试探下去了，他打开自己的万花筒写轮眼，利用神威之术迅速靠近长门。
长门一直就在提防着阿飞这一招，眼见阿飞靠近自己，长门连续射出数百根黑棒，尽量消耗他虚化的时间。
阿飞预判了这一点，他任由黑棒将自己击穿，丝毫不改变自己的行动路线，以最快的速度接近长门。
就在虚化即将结束的时候，阿飞已经来到长门的跟前，持手里剑挥向着长门的脖颈处。
就在这种危机关头，长门丝毫不乱，右手持黑棒格挡，左手对着阿飞，道：“结束了，宇智波斑！神罗天征！”
一道可怕的斥力将阿飞弹飞，狠狠地撞在墙壁上，恰好有一根突出的木桩将其刺穿。阿飞无力地挣扎着，渐渐地失去了呼吸。
长门见对方终于被自己杀死，长长地舒了一口气。
下一刻，他感觉自己胸口一疼，低头看去，一根黑棒将自己穿胸而过，血液立刻喷溅了出来。
长门回头看向阿飞，喃喃道：“怎么可能？”
阿飞冷笑道：“当年在给你移植这双眼睛的时候，就考虑到今日之战。为此，我特意在轮回眼里转写了一道幻术，就是为了在关键时刻起作用。所以刚才你所看到的杀死我的景象也只是幻影罢了！”
长门刚要说些什么，却忍不住吐出一口血。
他感觉自己的身体正迅速失去力量，一切似乎已经无法挽回。弥留之际，他想到了弥彦、小南以及被自己杀死的自来也老师。
长门双手一合，使用出最后的力量，道：“封印·地爆天星！”
一颗黑色珠子从他的掌心飞出，迅速升到半空。它爆发出强大的吸引力，将高塔吸到半空，位于高塔顶楼的长门和阿飞也被一同吸引向那个核心。
然而，高塔刚升到一半，后继无力，便开始向下方坠落。
长门到底还是没坚持到最后，溘然长逝了。
施术者死亡，黑球也崩碎了，化作飞灰，这个术自然而然也就中断了，没有发挥出那可怕的威力来。
高塔即将坠地，死去的长门以及这里的一切也都将会被埋葬。
阿飞自然不会任由轮回眼被埋葬，他利用神威之术来到长门身边，将两颗轮回眼抠出，装在盐水瓶里。
此时，小南拖着受伤的身体飞进高塔，眼睁睁地看着阿飞取出长门的眼睛，却来不及阻止。
小南悲愤欲绝，她挥手操控着数百张起爆符，一同袭向阿飞。
阿飞不想和这个女人多做纠缠，他刚刚已经损失了一只写轮眼，战力大损，便利用神威迅速从这个地方离开了。
即使如此，还是有部分起爆符紧紧依附在阿飞的身体上，随着他的离开，也一同消失在原地。
小南来不及启动起爆符，只能任由对方离去。她飞到长门身边，跪倒在地上，嚎啕大哭起来。无力感、绝望和仇恨同时涌向心头。
在高塔坠地的前一刻，她抱起长门的尸体，飞跃到半空中。她想过死，不过那股仇恨支撑着她继续苟活下去。
小南将两位同伴埋葬在一起，随后施展出式纸之舞，振翅高飞。她飞向的方位正是火之国木叶村。为了报仇，她只能求助于昔日的敌人，就算自己最后被审判，也是值得的。
与此同时，纲手等人已经准备三天后出发前往铁之国，出席即将到来的五影会谈。随行的有卡卡西、迈特戴以及日向宁次。
小纲手、漩涡水户以及千手唯的木分身则继续探索忍界，找寻本体留下来的信息。
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