诺娅在星舰上，为了修复调和之核的裂痕，决定再次进入神骸的意识空间。在意识空间中，她遇到了创世神骸的残魂。残魂告诉她，只有找到宇宙诞生时的“原初调和之力”，才能彻底修复调和之核。而原初调和之力，就隐藏在熵暗之喉的核心深处。诺娅决定亲自前往水晶星系，与新生命汇合，共同寻找原初调和之力。
翡翠星的年轻萨满在守护生命之树的过程中，突然得到了大地之灵最后的指引。大地之灵告诉他，要唤醒生命之树最本源的力量，需要找到散落在宇宙各处的七颗“生命圣果”。这些圣果蕴含着翡翠星最古老的生命能量，是对抗熵暗菌丝的关键。萨满决定带领族人，踏上寻找生命圣果的冒险之旅。
宇宙的危机再次升级，新生命在暗紫色水晶星系中接近熵暗重构公式的核心，却面临着熵暗之喉核心漩涡的致命威胁；诺娅离开星舰，前往水晶星系寻找原初调和之力，星舰的防御力量更加薄弱；翡翠星的萨满开始寻找生命圣果，生命之树的情况岌岌可危；而机械文明的工程师们，在组装秩序共振器时，发现星舰的能源系统被熵暗余孽植入了病毒，随时可能爆炸。所有的一切都预示着，这场新的危机，将比之前更加凶险，所有文明的命运，再一次被推到了悬崖边缘。
新生命的穿梭舰在接近水晶密室时，被一种暗紫色的能量场包围，舰体的所有系统瞬间失灵。他不得不带领队员们弃舰，徒步穿越能量场。在能量场中，他们遭遇了由熵暗符文组成的“意识吞噬者”，这些吞噬者能侵入人的思维，放大内心的恐惧。一名队员被吞噬者抓住，瞬间陷入了无尽的噩梦，身体逐渐被暗紫色的晶体覆盖。新生命强忍着内心的恐惧，用超维钥匙的光芒驱散吞噬者，却发现钥匙的光芒在接触能量场时，也变得微弱起来。
诺娅离开星舰后，将神骸留在舰上指挥战斗。她乘坐小型逃生舱，朝着水晶星系飞去。途中，她遭遇了熵暗领主的伏击。这些领主操控着时空陷阱，将逃生舱困在一个不断循环的时间回廊中。诺娅在回廊中反复经历着战斗的瞬间，每一次都离死亡更近一步。但她凭借着顽强的意志，在循环中寻找规律，最终利用调和之核的力量，打破了时空陷阱。
机械文明的工程师们在排查病毒时，发现病毒的源头来自星舰的量子通讯系统。原来，熵暗余孽通过篡改通讯信号，将病毒植入了星舰的核心系统。他们不得不暂时关闭通讯系统，集中精力清除病毒。但这也导致他们与新生命和诺娅失去了联系，无法及时传递重要信息。
翡翠星的年轻萨满和族人在宇宙中寻找生命圣果时，来到了一个被冰雪覆盖的星球。这里的冰雪中封印着古老的生命能量，但也隐藏着被熵暗同化的冰巨人。冰巨人守护着生命圣果，它们的攻击能将一切冻结成永恒的冰块。萨满带领族人利用翡翠图腾的力量，融化冰雪，与冰巨人展开了一场激烈的战斗。在战斗中，他们发现冰巨人的弱点在于心脏位置的暗紫色水晶，只要击碎水晶，就能打败冰巨人。
新生命终于进入水晶密室，面对水晶柱上的核心代码，他将超维钥匙插入代码的节点。钥匙发出微弱的光芒，开始解析代码结构。但此时，熵暗之喉的核心漩涡产生了一股强大的吸力，试图将他和钥匙一起吞噬。他用尽全力抵抗吸力，同时引导钥匙注入秩序能量。随着能量的注入，核心代码开始出现混乱，熵暗重构公式的自毁程序即将启动。
诺娅在接近水晶星系时，感受到了新生命的危机。她加快速度，朝着水晶密室飞去。在途中，她遇到了诺娅在接近水晶星系时，感受到了新生命的危机。她加快速度，朝着水晶密室飞去。在途中，她遇到了一群由熵暗能量凝聚而成的“虚空掠夺者”，这些掠夺者能够在虚空中自由穿梭，发动突袭。诺娅操控逃生舱灵活躲避，同时利用舱内的能量炮进行反击。但掠夺者数量众多，逃生舱的防护罩在持续攻击下不断削弱。
机械文明的工程师们经过艰难的排查，终于清除了星舰上的病毒。他们立即重启量子通讯系统，试图联系新生命和诺娅。然而，通讯信号在传输过程中受到了强烈的干扰，只能断断续续地接收到一些模糊的信息。他们意识到，熵暗余孽正在构建一种能够屏蔽所有信号的“暗熵屏障”，一旦屏障完成，所有文明之间的联系将被彻底切断。
翡翠星的年轻萨满和族人成功击败冰巨人，找到了第一颗生命圣果。这颗圣果散发着柔和的绿色光芒，表面流动着古老的生命符文。但在他们准备离开时，星球的地面突然裂开，一只体型巨大的暗紫色“熵暗地虫”破土而出。地虫的身体上布满了能发射腐蚀射线的孔洞，它的出现引发了星球的剧烈震动，冰雪开始大面积崩塌。萨满带领族人一边躲避地虫的攻击，一边寻找离开星球的方法。
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