当天中午有贼寇骑兵冲入，询问倪元璐在哪里，看到他的遗体陈列在堂上，惊慌失措地离去。不久，有伪官王方弼来颁布命令，并传令箭到寓所，说：“这是忠义之家，不可骚扰。”从此家人得以安宁。倪元璐的儿子倪会覃，不敢违背父亲遗命，于是等到先帝遗体收敛之后，才将倪元璐入殓。贼寇无不叹息称其为忠臣。他一家共有十三人殉节，其中有人说妾王氏和幼子幸免于难。
倪元璐的文章精炼深刻，感情真挚，因此得到他片言只语评价的人，都视若珍宝。他对后进人才给予鼓励和支持，保护士人声誉，无论士人贤与不肖，都愿意出自他的门下。殉难诸贤中，唯有倪元璐最为世人所哀痛。南明朝廷追赠倪元璐为太保，谥号文正，祀于旌忠祠。
我评论道：古今以来，追赠文正的谥号最为难得。明朝开国数百年，只有谢迁（弘治名臣，浙江余姚人）、李东阳（弘治名臣，长沙茶陵人）两位宰相获得此荣誉。京城死难的官员中，又有倪元璐与刘理顺（官职左中允，同样被南明朝廷追赠谥号为文正）两位。李东阳文章典雅庄重，堪称一代文坛典范，开启了新的风雅潮流，但他在阉宦刘瑾面前委曲求全，虽然有补救朝政之功，但也有违背道义之嫌。谢迁和刘理顺，他们如同未经雕琢的黄金美玉一般质朴纯真，其诚信品格足以流传千秋万代。但唯有倪元璐才华横溢，同时兼备节义高尚。李东阳不如倪元璐正直，刘理顺和谢迁不如倪元璐有文采，尊名一致方面，未有如倪元璐最为恰当的。而且倪元璐还让那些赞美逆朝、仇恨故国的人，不能自诩为文学界的精英。孤傲的凤凰发出鸣叫，让那些猫头鹰们不得不安静下来，这正是倪元璐所着着作的宗旨所在。因此，倪元璐不仅为正人君子增添了光彩，更让忠贞的文人墨客吐气扬眉。
陈仁锡（谥号文庄），与倪元璐同年同科出身，曾说倪元璐是人伦楷模，又具有经世济民之才，确实是定论。然而倪元璐受到皇帝赏识，但最终未能充分发挥其才能，只能以为朝廷尽忠自尽而终，令人可悲！倪元璐的文集有奏疏、代言、讲章、应本等流传于世，诗作则有《忆草》等多部。
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