“人们之所以认为转基因不安全、不敢吃，主要还是不了解转基因技术。”陈君石认为，转基因食品的安全性评价是以科学为基础的，我国对于转基因作物的评价内容涵盖了国际食品法典委员会等组织颁布的《转基因作物食用安全评价指南》里的所有内容。
陈君石说：“至今尚未发现转基因食品对人体健康造成任何急性、亚急性或者慢性危害。” [26]
2012年12月6日，中国工程院院士陈君石表示，经过严格审批和监管的转基因食品，并不存在有毒有害物质，转基因食品本身不构成食品安全问题。但是曝出“黄金大米”事件，会严重拖延中国转基因作物的研究开发，这是非常不利的事情。
陈君石称，“转基因研究会因此被拖延。我估计农业部对中国自己研究发明的转基因作物的批文，会延期。不是因为科学，而是由于压力。媒体的、消费者的、领导的、官员的压力。压力是不讲道理的。” [98]
陈君石指出，转基因作物的研究开发，下一步能否加速，取决于政府，不取决于科学家。“政府下决心，科学家才能使劲。政府不下决心，科学家使不了劲。形势很清楚，没有别的灵丹妙药，这是不现实的。” [100]
2013年2月，陈君石院士谈及食品安全问题时说，“实际上，近几年有关食品安全的报道和信息，其中不乏不科学、不客观，还有某些所谓专家不负责任的言论，从而造成以讹传讹，进一步加剧了老百姓的恐慌情绪。”陈院士说，由于信息渠道不通畅、信息不对称，加上消费者自身不太可能具有相关专业知识，消费者对于食品安全问题产生了很多误解。例如，认为食品安全就要“零风险”，认为超标产品就等同于有毒产品，等等。“因此，必须畅通食品安全信息渠道，建立起有效的食品安全风险交流机制。” [29]
2013年3月，陈君石对表示记者：要真正解决中国的食品安全问题，需要解决目前农产品分散种植、畜牧产品分散养殖的现状，需要改变食品加工企业小、散、乱的现状。只要有这个背景存在，就不可能指望几年之内，我国不再出现食品安全问题。 [30]
2013年5月，陈君石表示，食品生产经营者是食品安全的第一责任人，安全的食品是生产出来的，不是靠监管出来的，更不是检测出来的。 [31]
陈君石还表示：需要告诉公众有关转基因、转基因作物、转基因生物安全等方面的知识。天然食品不等于就是安全食品，食品安全不存在零风险。转基因食品不构成食品安全问题，因为：转基因食品不含有有毒有害物质；另一方面，转基因作物的研究、开发有一整套严格的监督管理程序，在生产方面，也有确定的生产规范和严格的管理要求，这和其他传统产品的生产是一致的。 [88]
2013年6月21日，陈君石院士说：黑龙江大豆协会领导的转基因大豆致癌说，完全没有用流行病学的证据，也没有任何因果关系。 [93]
陈君石指出：关于转基因食品的安全性评估，监督和管理，包括检测监测都由农业部门来管，国家食品安全风险评估中心职责也没有这项(职能)，农业部门对它的安全性有风险控制措施。 [107]
2013年6月，黑龙江大豆协会一位负责人称“食用转基因大豆油的消费者更容易患肿瘤、不孕不育病”，中国工程院院士、食品安全专家陈君石表示，把这两件事结合到一起毫无根据，转基因大豆诱发癌症的说法在流行病学上没有证据，到目前为止也没有任何科学证据证明转基因食品对消费者的健康造成危害。 [33] 陈君石指出，转基因大豆和癌症高发两者之间有因果关系的说法，某种意义上说是毫无根据。 [34] 陈君石还强调说，转基因大豆油中甚至不存在转基因成分。“转基因大豆油是能吃到的最常见的转基因食品。严格来讲，转基因大豆油里不应该检测出任何转基因成分，因为基因是蛋白质，蛋白质在大豆精炼成油中，已经剔除了。食品安全监管部门的检测方法很高明，哪怕极微量蛋白质从大豆进入油里都能检出来。” [35］
2013年7月13日，在转基因大米自愿品尝活动上，陈君石院士指出，基因无所不在，转基因没那么可怕，在国际上通用的名词是“现代生物技术”，且基因改变这件事情也不新鲜，袁隆平院士的杂交水稻就改变了基因。
他批驳“闪电式批准”转基因大豆进口的说法，指出在我国至少需要两三年才能批准转基因品种进口，且安全性评价实验中还要把所含的转基因人为放大，进行过敏实验、模拟胃液消化吸收实验、大鼠90天喂养实验等，是一件很严格的事情。
“转基因作物在农业上的应用是大势所趋。”陈君石认为，说转基因作物安全问题没有定论是完全错误的。作为科学家只能说，到目前为止没有任何证据表明转基因的作物对健康是有害的，那这就是安全的。 [37]
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