在科学的广袤苍穹中，何祚庥院士宛如一颗耀眼且独特的星辰，以其坚定不移的科学信仰与大无畏的批判精神，在多个领域熠熠生辉，却也因此深陷民间争议的漩涡。
他揭露伪气功、反对邪教、支持转基因、批评中医及传统文化中的糟粕，桩桩件件，都如巨石投入舆论的深潭，激起千层浪，招来了诋毁与谩骂，可这些无端指责，恰恰映衬出他坚持真理的难能可贵。
回溯往昔，上世纪伪气功在国内肆意横行，众多“气功大师”凭借江湖骗术和迷信思想蛊惑人心，严重扰乱社会秩序，冲击科学认知。何祚庥院士不顾个人安危，挺身而出，凭借深厚的科学素养和敏锐的洞察力，直击伪气功的要害。他直言这些所谓的“气功”不过是伪科学的把戏，毫无科学依据可言。面对“气功大师”们的“发气”威胁，他毫不畏惧，以科学事实为武器，让伪气功的真面目暴露无遗。像他揭露“超级奇人”张宝胜弄虚作假，使其“意念神功”的骗局被世人看清；对“大气功师”严新“外气实验”的质疑，也让大众认识到这些伪气功的荒诞。何祚庥院士的举动，无疑是给当时盲目追捧伪气功的社会风气敲响了警钟，让更多人重新回归科学理性的轨道。
在反对邪教的征程中，何祚庥院士同样是一面高高飘扬的旗帜。他很早就关注并深入研究邪教问题，深刻认识到邪教的邪恶本质和严重危害。1997年全国政协会议上，他便与其他专家联合发言，呼吁依法打击封建迷信活动，警惕邪教滋生。此后，他通过多部电视片，无情地揭露邪教的真面目，还在全国宗教干部培训班上作专题报告，深入剖析邪教本质，为政府部门重视和研究邪教问题提供了关键信息。1999年，他发表《我不赞成青少年练气功》，揭露邪教危害，引发邪教组织的疯狂围攻，但他并未退缩，反而加快揭露步伐，深入各地普及反邪教知识 。他的努力，让无数人认清邪教的邪恶本质，避免上当受骗，有力地维护了社会稳定和人民安全。
转基因技术的争议浪潮中，何祚庥院士坚定地站在支持转基因技术发展的一方。他认为转基因技术作为先进生物科技的应用，能提高作物品质和产量、降低种植成本、减少农药使用，是解决粮食问题的关键技术之一 。他还表示自己也食用转基因食品，以身作则表明对其安全性的认可。然而，部分人认为转基因食品存在健康危害，甚至将其视为国外危害中国的阴谋，再加上种植、产销、加工等方面的利益冲突，这些反对者将不满情绪发泄到何祚庥院士身上。但他并未因这些反对声音而动摇，始终以科学数据和研究成果为依据，耐心科普转基因技术的原理和安全性，为推动转基因技术的正确认知和合理应用不懈努力。
而何祚庥院士对中医及传统文化中糟粕的批评，更是引发了广泛而激烈的争议。但很多人存在误解，误以为他“反对中医”，实则不然。何祚庥院士堪称中医的良师益友 ，他对中医的关切源自对传统文化的深厚情感与对科学精神的执着坚守。
他曾公开分享自己接受中医诊疗的经历，有力地证明了他对中医的客观态度。何祚庥院士患有多年痔疮，在最近发作较为严重时，他向西医大夫咨询手术治疗的可能性。西医大夫检查后告知他是二级痔疮，尚未发展到需要手术的三级阶段，并推荐了马应龙药膏和冲洗等方法。何祚庥院士试用后发现，马应龙的膏药和冲洗的确效果显着，症状得到了大幅度缓解 。这一亲身经历让他切实体会到了中医在特定病症治疗上的有效性。他承认中医拥有宝贵且长期的临床经验，并非一味否定。他也公开表示，在某些情况下，自己也会使用中医的药物和诊疗手段 。
如果何祚庥院士真的反对中医，他为什么会坦然的公开这一切经历？
此外，何祚庥院士和中国中医科学院研究员张洪林是多年的至交好友，他还与众多中西医结合专业的中医科研人员交情匪浅 。这足以证明，他并不排斥中医，相反，他倡导中医走现代化之路，实现中西医结合 。
何祚庥院士对中医的期望，恰似严师对爱徒的期许 。他认为阻碍中医更好发展的因素之一是因循守旧，难以舍弃一些诸如阴阳五行之类的理论 。事实上，国内已有许多中医名家早已突破传统束缚。
例如南京中医药大学的黄煌教授，作为经方派中医，在临床看病时就完全摒弃了阴阳五行理论，凭借精湛医术赢得广大患者的积极认可。黄煌教授是南京中医药大学的权威专家，同时在江苏省中医院担任普内科主任医师。他现任南京中医药大学国际经方学院院长、教授、博士生导师，在中医经方领域有很深的造诣和广泛的影响力，在海内外盛名远播。
还有一些有名的不用阴阳五行理论看病的中医大师。
胡希恕：生于1898年，是当代中医界的标杆性人物。他非常排斥传统中医用阴阳五行和脏腑理论来“讲病”的那一套，在临床实践和教学中，重视药证和方证，将其视为中医辨证施治的关键，以六经和八纲辨证来解读《伤寒论》，是经方学派的代表人物。
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