然而，更严峻的危机接踵而至。星蚀议会的先遣舰队抵达太阳系，其释放的“维度锚点”将月球逐渐分解成环绕地球的环状带，宇宙辐射与病毒孢子顺着裂缝倾泻而下。与此同时，海底残留的熵灭核心持续释放不稳定能量，将太平洋岛屿逐一吞噬，形成一片不断扩张的“虚无之海”。
为扭转局势，林悦与新纪元团队启动“火种计划”：用外星科技与地球文明的融合产物，建造能穿越维度的“曙光号”战舰。小雨通过解析星蚀飞船残骸，发现议会的弱点——他们的科技依赖于一种名为“熵晶”的能量源，而地球地核深处恰好存在这种物质的原始矿脉。
在潜入地核的过程中，小队遭遇被病毒异化的地心生物“熔炎巨像”，其流淌着岩浆的躯体每一次震动都能引发地壳运动。林悦的共生体能力在此刻彻底觉醒，她与地心能量共鸣，将自身化作“活体导体”，引导地核的电磁风暴摧毁了巨像。而陈玥萧带领的工程队则成功开采出熵晶，为曙光号注入足以对抗星蚀舰队的能量。
决战时刻，曙光号突破大气层。面对由数百艘战舰组成的星蚀阵列，新纪元团队启动秘密武器“文明回响”——这是将人类历史上所有艺术、科学与情感记忆转化成的能量波，能瓦解议会基于纯粹理性的科技系统。林悦作为能量接口，将自身变异基因与全人类的意志连接，在意识洪流中，她看到了星蚀议会的真相：他们本是更古老文明的“病毒清道夫”，却在无尽的宇宙征战中，逐渐迷失为毁灭本身。
随着文明回响的冲击，星蚀舰队的武器系统相继瘫痪。林悦趁机驾驶搭载熵晶炸弹的穿梭机，冲入议会旗舰核心。爆炸的光芒中，她的意识与宇宙能量融为一体，彻底清除了所有病毒威胁，并重写了星蚀议会的底层程序，将其转化为守护宇宙文明的力量。
当曙光号缓缓降落在重生的地球上，曾经的虚无之海已被新生的生态系统覆盖，人类开始在新纪元的曙光中重建文明。林悦站在方舟穹顶的观景台上，望着远处孩童在草地上嬉戏的身影，终于露出释然的笑容。而在宇宙深处，经过改造的星蚀舰队正默默守护着银河系的每一个文明火种，确保生化危机的悲剧永不重演。
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