孙传庭的到来，恰似在南京官场看似平静的湖面下，骤然引爆了一颗深水炸弹。表面的波澜或许能凭权力暂时压下，可湖底翻涌的暗涌与盘旋的漩涡，却愈发湍急、愈发险恶，只待时机便要掀起惊涛。
朱慈烺力排众议，授予孙传庭“总督南京戎政”之衔，还允其参赞机要——这本就是一步险棋。一方面，他亟需孙传庭的军事才能来整饬武备、训练新军，为大明撑住防务；另一方面，他更清楚，这位曾败走潼关的“败军之帅”骤然身居高位，必定会刺痛朝堂上许多人的神经，搅动本就复杂的局势。
果然，暗流开始以更隐蔽、更阴险的方式涌动。
先是南京京营里，一些世代袭职、早已腐化的勋贵子弟与军官，对孙传庭或将推行的“整饬”满心恐惧与抵触。他们不敢公然违抗太子令旨，却暗中勾结串联、散布流言，称“孙白谷秦兵尽丧，已失军心”“南兵孱弱，哪能依秦法操练，不过徒耗粮饷”“败军之将，想借南京兵马为自己立功赎罪”，妄图在底层士卒与中下层军官间煽动对立情绪。
接着，都察院里那些善以“风闻奏事”邀功的御史言官，也似嗅到猎物气息般动了起来。弹劾奏疏不再直指太子，反倒拐弯抹角将矛头对准孙传庭：有的重提潼关败绩，质疑其能力；有的捕风捉影，暗指他与北方某些“不清不楚”的势力或许有牵连；更有甚者，还间接将矛头指向朱慈烺，批评他“用人不明”“过于倚重骄兵悍将”，担忧会生肘腋之变。
这些奏疏如雪片般涌入通政司，虽多半被朱慈烺留中不发，可它们造成的影响已在官场悄然蔓延。一种微妙又压抑的气氛渐渐笼罩南京，不少人都在观望，这位年轻的监国太子，究竟会如何应对这股来自内部、无形却无处不在的压力。
朱慈烺对此心知肚明。他依旧每日处理政务、督促格物院、巡视武英营，表面上不动声色；暗地里却通过王公掌控的东宫旧有渠道，以及韩赞周部分提供的内廷信息，密切留意着朝野动向，尤其紧盯那些跳得最欢的官员背后的关系网络。
这一日，孙传庭拖着尚未痊愈的病体，因朱慈烺特许，前往西苑观看武英营操练。操练场上，张指挥佥事正依照朱慈烺结合现代理念与明代实际编写的粗浅操典，指挥士卒开展队列变换与火器射击训练。虽仅有寥寥数支燧发枪样品，大部分士卒仍用着火绳枪，但那种强调纪律、号令统一的训练方式，依旧让孙传庭眼中异彩连连。
然而，就在操练间歇，几名看似普通的京营老兵（实为某些勋贵安插的眼线），便开始在士卒中阴阳怪气地嘀咕：
“啧，摆这些花架子有什么用？真上了战场，还得靠真刀真枪拼杀！”
“就是，听说那位孙督师要把咱往死里练，学他那套秦法，咱这身子骨可吃不消……”
“练好了又如何？还不是给人家当垫脚石，去送死？”
这些话声音不大，却刚好飘进周围士卒耳中，引得一阵小小的骚动与疑虑。带队军官厉声呵斥，才勉强将这股骚动压了下去。
陪同观看的史可法脸色顿时沉了下来，他担忧地望向孙传庭，生怕这位性情刚烈的督师受不住这般羞辱，当场发作。可孙传庭只是面无表情地看着，深陷的眼窝中，锐利目光扫过那几个窃窃私语的老兵，似要将他们样貌刻进心里，随即便移开视线，仿佛什么都没听见。
可站在孙传庭身侧的朱慈烺，却看得真切——他垂在身侧、隐于袖中的那只手，已紧紧握成了拳，指节因用力而泛出青白色。
当晚，朱慈烺在文华殿召见了王公公和韩赞周。烛光下，他的脸色平静，眼神却冷冽如冰。
“京营那几个嚼舌根的老兵，查清楚背后是谁了吗？”
“回殿下，已初步查明，与诚意伯刘孔昭、忻城伯赵之龙府上有些关联。”王公公低声道。
“都察院那边，这几日跳得最凶的御史李沾、乔可聘，与户部右侍郎……乃至北京几位旧阁老的门生，往来格外密切。”韩赞周补充道，声音尖细却清晰。
朱慈烺微微颔首，这些信息与他先前的判断基本吻合。阻力主要来自两处：一是南京本地盘根错节的勋贵与部分官僚，他们怕改革触动自身利益；二是些与北京朝廷往来密切、思维僵化的“清流”，他们本能排斥任何打破旧有格局的人和事。
“看来，有些人是不见棺材不掉泪。”朱慈烺轻轻敲了敲桌面，语气平淡，却透着不容置疑的决断，“既然他们想让本王‘明察’，那本王就明察给他们看！”
他并未立刻对勋贵和言官动手，那会引发更大的动荡。他选择了另一个突破口——户部。
次日，朱慈烺突然下令，由东宫属官及部分他信得过的户部低级官员组成核查小组，会同内官监，彻查南京户部太仓库近年来——尤其是近半年的收支账目，以及各地解送南京粮饷的实际情况。理由是“统筹东南财赋，以应军国急需”，十分冠冕堂皇。
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