施琅叛乱的迅速平定，如同一场突如其来的暴风雨，虽然猛烈，但雨过天晴后，南明的天空似乎变得更加澄澈。朱慈烺借此机会，进一步强化了对军队，尤其是水师的控制。郑森因平叛有功，被正式任命为长江水师统领，与靖海将军张煌言并列为帝国海军双璧。郑芝龙经历此事后，态度明显收敛了许多，更加配合朝廷的指令，其福建水师也被逐步纳入统一的作战体系进行整训。
内部隐患暂除，朱慈烺的注意力再次完全聚焦于他宏大的北伐蓝图之上。“陆海并举，以攻代守”的战略，开始以前所未有的力度和速度推进。
陆地方向，史可法坐镇扬州，总督江北四镇（徐州高杰、扬州黄得功、庐州马祥麟、安庆秦良玉）军务。利用春季相对平静的间隙，他大力整军经武。武英营作为教导和战略预备队，将操练新式火器、步炮协同战术的经验，系统性地推广至各主力部队。来自龙江格物院的新一批“弘光二式”燧发枪和野战炮，优先补充前线。各地军屯和民屯也在加紧恢复生产，为可能到来的长期战争储备粮草。
与此同时，对李定国敌后根据地的支持力度空前加大。在朱慈烺的亲自过问下，一条由张煌言水师掩护，从长江口北上，辗转山东半岛的秘密海上补给线被建立起来。尽管风险巨大，但一批批宝贵的火药、药品、工匠甚至少数技术军官，被成功输送到李定国手中。得到补充的李定国部，如虎添翼，不再满足于流动作战，开始尝试向鲁西南的沂蒙山区发展，选择险要之处，建立较为稳固的营寨，吸纳流民，整顿地方，俨然一副要扎根敌后，开辟第二战场的态势。他的活动，使得清廷任命的山东巡抚方大猷焦头烂额，连连向北京告急。
海上方向，“惊蛰”计划的准备工作已进入最后阶段。张煌言与郑森联合指挥的庞大舰队，在肃清内患后，士气高昂，厉兵秣马。他们不断派出哨船侦察北方沿海清军布防情况，完善作战计划。目标是明确的：不仅要破坏清廷的沿海经济设施和漕运节点，更要尝试与辽东地区可能残存的明军力量（如皮岛等地的抗清武装）取得联系，在清廷的背后插上一把尖刀。
然而，就在朱慈烺全力经营东部战线，准备挥师北指之际，遥远的西南天际，却骤然传来了一声惊雷！
这一日，八百里加急的军报如同带着血火之气，被飞奔的驿卒送入了南京兵部衙门。史可法阅后，脸色剧变，几乎握不住那轻飘飘却又重若千钧的纸页，他立刻持报闯入宫中。
“陛下！西南急报！孙可望……孙可望在四川保宁府（今阆中）遭遇豪格埋伏，大败！损兵超过三万，辎重尽失，已狼狈退守川东夔州！豪格趁势反击，兵锋直指重庆！孙部……孙部恐难支撑！”史可法的声音带着一丝颤抖。
暖阁内顿时一片死寂。朱慈烺接过军报，快速浏览，脸色瞬间阴沉如水。保宁之败，可谓一场惨败！孙可望急于求成，轻敌冒进，被以逸待劳的豪格诱入险地，一场伏击打得他几乎全军覆没。这不仅意味着西征四川的战略受挫，更意味着牵制豪格、稳定上游的设想落空！
“陈子龙呢？他何在？”朱慈烺强压怒火，沉声问道。
“陈御史奏报，他当时力劝孙可望谨慎，然孙可望刚愎自用，不听劝阻……败局已定后，陈御史已冒险前往刘文秀营中，试图稳住局势，但孙可望经此大败，威望大跌，其与刘文秀、艾能奇之间的矛盾恐将彻底爆发，西南局势……危矣！”史可法语气沉重。
朱慈烺站起身，走到舆图前，目光死死盯住四川的位置。孙可望的惨败，打乱了他全盘的计划。豪格一旦解决四川问题，必然东出湖广，届时南明将面临东西两线作战的极端不利局面！
“孙可望……竖子不足与谋！”朱慈烺恨声骂道。但他知道，此刻不是追究责任的时候，如何挽回西南危局，才是当务之急。
他迅速冷静下来，大脑飞速运转：“立刻传旨！一，加封刘文秀为征西将军，艾能奇为平虏将军，密谕陈子龙，尽力扶持刘、艾，分化孙可望残部，务必在川东稳住阵脚，绝不能让豪格轻易拿下重庆！二，命湖广总督何腾蛟、江西总督袁继咸，即刻加强荆襄、九江防线，严防豪格东进！三，给秦良玉去旨，让她从安庆方向，加强对湖广的策应，必要时可派兵西援！”
一连串的命令发出，显示出朱慈烺在危机面前的果决。然而，西南的败局，如同一个巨大的阴影，笼罩在南京上空，迫使朱慈烺必须重新评估整个北伐战略的时机和节奏。原本计划在海上发动“惊蛰”行动的同时，在陆上也有所动作的想法，不得不暂时搁置。他必须确保西线不会崩溃，否则，一切北伐宏图都将成为泡影。
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