据传说，在明军攻破元大都时，元朝的40个万户中，也只有6个得以成功逃走，余下的或是战死，或最终投降明朝。尽管明朝对蒙古人十分厌恶，但蒙古战士太过重要，因而不能随意屠杀，而是改成招抚。
如果这个传说是真的，那么后世的一些学者便会指出，这将暗示着蒙古草原上有大量人口损失。但事实上，蒙古贵族中的这40个万户并非驻守在蒙古草原而是西南，因此不能认为蒙古草原损失了大量人口。
只不过，这些蒙古贵族部落中的许多人构成了所谓的“云南蒙古人”，并且担心自己会被朱元璋的军队征讨和屠杀，不得不以最快速度改穿汉服和用汉姓，通过学说汉话来掩护自己，防止被明军攻打和误杀。
这就是为什么后世云南方言中的西南官话有那么重的卷舌音了，因为他们都是由当时蒙古人假扮的“汉人”，就像东北女真人（满洲人）入主中原后，将原本通行全国的平舌音的南京普通话改成卷舌的儿化音。
好在元顺帝妥懽帖睦尔带回蒙古草原的人中，大部分是士兵。因此，元顺帝才能拥有相当数量的军队约五六万人。尽管退回了蒙古草原，他仍然将自己视为整个天下的统治者，但他失去了长城以南的地盘。
元顺帝北逃后就撤向斡难河-怯绿连河谷地，因为那里是蒙古人传统的故乡，以此来维护自己的权威。但同时，明朝军队继续追击，以确保蒙古人无法发动反攻。尽管蒙元朝廷失去了大片地盘，但残存的元朝（北元）仍能够在蒙古草原重整旗鼓，并随时都有可能发动反攻。这可不是虚幻的想法，一切皆有可能。
尽管元顺帝妥懽帖睦尔驻军在蒙古草原，但他在那里却无法找到对自己作为统治者的长期支持，因为有人对皇室产生了长达几十年的厌恶，主要是阿里不哥一脉后裔，且他们是蒙古草原上最有势力的人物。
除了阿里不哥和忽必烈之间依旧一触即发的夙怨，蒙古草原上的蒙古人也将败退的妥懽帖睦尔与归来的其他蒙古人视为外人，甚至基本视之为“汉人”和“非蒙古人”。因此，双方之间的战争不可避免的爆发了。
游牧在西部蒙古草原阿尔泰山脉周围的瓦剌（俄罗斯的卫拉特蒙古）成为了卷入争斗的第三方因素。
“瓦剌”在蒙古帝国史中只是一个边缘集团，与拥有“黄金血脉”的“蒙元皇室”没有什么联系，因为瓦剌人的血统与成吉思汗无关。但是，随着其力量在西元14世纪后期逐渐增强，他们便开始觊觎蒙古大汗之位。
与此同时，“瓦剌人”还将自己的社会地位凌驾于其他蒙古部落之上，令其他蒙古部落贵族深恶痛绝。
不过，一些“瓦剌人”将他们的祖先追溯到了克烈部的脱斡邻勒汗。但是，瓦剌（斡亦剌）其实是槐因亦儿坚部落之一，与克烈部无关。而在西元14到15世纪的大部分时间里，蒙古草原的战争都是局部性的。
不过，明朝皇帝朱棣屡次率军攻入蒙古草原，放火焚烧牧草，想通过饿死牲畜来迫使蒙古人屈服。但是，结果喜忧参半。尽管明朝军队多次打败了蒙古军队，但明军一进入草原发就会遭到连续不断的攻击。
之所以会造成这种结果，原因是明朝军队以步兵为主，骑兵不多，而且后勤补给跟不上，无法在草原上长期驻军。明朝除了试图让蒙古草原上的许多派别互相攻击之外，还采用了汉族用于草原的传统对策。
那就是将“名号”授予某部落的统治者并使之合法化，将其他蒙古部紧盯自己的视线移开，使之内讧。
明朝的最终目的，是通过分化和控制，来达到削弱各个蒙古部落。然而，其努力并非总是能成功的。
明朝并不在意合作对象是谁，无论是“黄金家族”还是瓦剌首领都可被利用。但同时也存在一个威胁，即一名首领可能聚集足够的力量来攻击明朝，这些攻击并不足以颠覆明朝，但无论如何也是一个大威胁。
举一个例子，那就是“土木堡之变”。当时，漠西蒙古的最高权力即“瓦剌大汗”之位被“太师”也先把控，并事实上成了瓦剌首领，于西元1439年—西元1455年在位，占据了从巴尔喀什湖绵延至明朝边境的地盘。
期间，瓦拉因与明朝就边境茶马交易等互市问题闹掰，于是发兵寇边。而当时的明朝皇帝明英宗因年少气盛且偏信宦官王振，导致轻敌惨败，损失20万大军，自己也当了俘虏，震动朝野，使明朝由盛转衰！
在也先去世后，蒙古草原个部落又爆发了多次内战，具体而言就是由“黄金家族”统治的鞑靼部落的蒙古人与漠西蒙古瓦剌人之间的战争。这种草原部落间互掐最符合明朝利益，因为不用出力就能削弱对方。
直到达延汗崛起（西元1479年—西元1517年在位），并被选为成吉思汗的第28任继承者之后，蒙古草原才重获和平。达延得益于他的叔父满都鲁（西元1473年—西元1479 年在位）统一了喀尔喀蒙古诸部。
喀尔喀蒙古乃成吉思汗的“黄金家族”直系后裔之一，后来被清朝康熙皇帝“重点照顾”（同化）。喀尔喀个部落联合起来打败了瓦剌人，并将他们逐出蒙古草原，从此成了整个蒙古草原的最大势力，威胁明朝。
之后，瓦拉人分裂成杜尔伯特与准格尔，前者迁往大兴安岭游牧，后者在清朝康熙帝连续派兵攻打下被消灭，少数准格尔人向北逃亡到西伯利亚，成了阿尔泰共和国以及卡尔梅克自治区共和国的卫拉特人。
然后，达延汗率领鞑靼部落开始攻击明朝，并在很长一段时间内成为明朝真正的威胁，直至他死去。
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