秦始皇听后，不动声色：众卿，可就此讨论淳于越之奏。
丞相李斯：三代之政，何可法也？公等儒生，不师今而学古，道古以害今，如不禁止，则君主势降乎上，党与成乎下，四海统一之局必遭破坏。为别黑白而定一尊，树立君王绝对权威，我有三策，若陛下纳而行之，必可致六合混一，天下太平。
秦始皇：今日论政，各言其是，又何间焉？贤卿请道其详。
李斯：其一，除《秦纪》、医药、卜筮、农家经典、诸子及历史古籍，一律交缴官府销毁；其二，凡论《诗》、《书》者死，以古非今者灭族，官吏见知不举者，与其同罪；其三，凡愿习法令者，以吏为师。若得如此，则非但海晏河平，且万民一心，共乐秦政也。
此言一出，众儒皆怒，纷纷裸袖奋臂而起，议论汹汹。秦始皇却闻而大喜，止住众生议论，立即批准李斯建议。宴会散后次日，就下诏命，令全国各地收书焚书。
一声令下，不到三十日内，六国原存文献及百家之书，就都付之一炬，化为灰烬。举国之书所留下来者，除医、卜、农、史之外，只有咸阳皇家图书馆内一套藏书。
始皇焚书，历代文士言之切齿。隋臣牛弘曾撰“华夏文明五厄”，说中国图书之毁，首为始皇焚书，次为赤眉入关，三是董卓焚洛，四是五胡乱华，五是周师入郢。
焚书次年，方士、儒生及六国遗士开始诽谤秦始皇，说其天性刚戾自用，专任狱吏，事无大小均自决断，贪于权势。又提起徐福、卢生之事，说天子愚不可及，上此恶当。
秦始皇被人揭短，盛怒不止，便对丞相李斯道：彼卢生等人，吾尊赐甚厚，今诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，或为妖言以乱黔首者，卿必使人究问。
李斯：此等方士诸生，留而无用于国，何不擒而诛之？
秦始皇：便依卿奏。但须止于倡言为乱者，休要滥杀无辜。
李斯应诺，领命而出，便使御史案问诸生方士，鼓励相互首告检举，以为立功赎罪。诸生恐惧，因此传相告引，乃得其所谓乱言犯禁者四百六十余人，报于天子。
皇帝朱笔亲批，皆命诛于咸阳。并以其尸在城门外筑为京观，以儆效尤。
此即所谓“阬儒”事件，非是后世所云“坑儒”。
焚书阬儒之后，始皇帝怒气不自，又下挟书令：诏命凡藏有儒家经典者，一律治罪。
画外音：只因徐福、卢生、淳于越及儒生议政等连环事件，又加上法家掌门李斯煽风点火，故此引发焚书阬儒，并彻底罢黜儒家学说。因此终其秦朝一代，世间再无传授学习儒家经典者。西汉初年，汉高祖刘邦很不重视儒学，便是缘出于此。至汉惠帝时，废除挟书令；到文帝时期，老儒依靠记忆口头传经，弟子录之，乃谓《今文经》，其释文谓之《传》。文帝始置经学博士，由今文经学家充任，以备顾问。武帝时又置五经博士，亦由今文经学家充任，在太学教授弟子。因今文经来自老儒记忆，解说有异，于是出现一经数解情况。
事件悬疑：秦在焚书之时，有人将儒家经典及其他古书埋藏起来。西汉前期拆除老房，古书相继出土。武帝下令献书，至成帝时设官专门负责收集古书，并着手进行整理。西汉末年，名儒刘歆发现古文经典与今文经互异，出于对于古文经极为赞赏，建议在太学设立学官教授士子，遭到今文经学博士激烈反对。古文经虽不得立学官，但在民间却广为流传。
事件延续：古文经学家按古字形、音、义解经，极力恢复本义，不作任意发挥，于是形成训诂学派。古文经学家贾逵、马融、郑玄兼通今文经，郑玄且破除各家传统，广采众说，遍注群经，得到今、古文两派赞许，号称“郑学”。至此，基本结束经今、古文斗争。贾逵弟子许慎为反对今文经学派穿凿附会，曲解经文，乃用二十二年时间，写成《说文解字》，全书分为五百四十部，解说十三万三千多字，收小篆九千三百五十三个，古文、籀文一千一百六十三个为重文。每字标明字形，注出音读，推究字义，乃是中国最早字典。
事件评论：焚书坑儒事件，其实是统一思想举动，秦始皇实不为过。当秦始皇统一六国之后，废除分封，施行郡县；统一文字，货币，度量衡。但百家仍在争鸣，思想极度混乱。当时儒墨道三家并称显学，儒家专求参政治世，墨家务农尚侠，道家研究身心讲求无为。更有名家务虚，只注重形而上学思考，与世无益。秦始皇因择荀子“礼法并重、刑德并举”观点，并以其徒弟李斯为相，采取法家治国之策，轻礼重刑，与先秦儒家对立。儒家尊古，而秦始皇统一中国偏是创新事务，故此尊法罢儒，势所必然。
历史真相：焚书事件，实因方士徐福、侯生、卢生等人，采取欺骗手段，替始皇帝寻求长生不老药，然而一直没有寻到，却又拿着秦始皇所给赏赐，纷纷叛逃。焚书事发之后次年，方士与儒生又公开批评秦始皇执政措施，甚至为人品德，秦始皇得知大怒，这才下令让御史大夫查办。反而是这些方士及儒生没有骨气，急于认供攀扯，才有“坑杀术士”扩大化之举。秦始皇未杀抗颜相争之淳于越，而术士欺骗国家财产，是为欺君大罪，杀之何碍？其实焚书与坑儒本是两回事，前后不连，背景各异，性质有别，混为一谈不当。
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