泰昌元年，熊廷弼被迫去职，赵率教被继任的袁应泰提拔为副将，作为护卫袁应泰的中军，驻守在辽东重镇辽阳。
辽沈大战中，因袁应泰的瞎指挥，先是沈阳陷落，后辽阳明军主力又被尽数葬送于城外，缺兵少将的辽阳欲守而不可，被后金一鼓而下。明军再次遭遇惨败。
那一战，明军数位总兵官战死，辽东明军精华一战成空。辽阳城陷落时，辽东经略袁应泰也在辽阳城头自杀，但作为护卫袁应泰中军的赵率教，却并未战死在辽阳，而是活着逃了回去。
若非当时的朝中文臣，因东林党的用人不当吵成一片，有人为赵率教了几句公道话，那逃回去的赵率教，也许当时就会被朝廷正了军法。
不过，虽侥幸保下了性命，但从那时起，赵率教头上就多了一顶贪生怕死的帽子。
启二年，明军于广宁再遭大败，熊廷弼与王化贞干脆率辽东军民直接撤回了山海关。随后，熊廷弼与王化贞被下狱议罪，兵部尚书王在晋接任辽东经略。
就在那一片混乱的时局中，已被撤职赋闲在家的赵率教，抓住后金撤兵的机会，率几十个家丁出山海关轻松恢复了中前所城，并在那里驻扎下来。等到孙承宗取代王在晋督师辽东时，赵率教就因复土有功官复原职，被安排去驻守前屯卫城。
驻守前屯期间，赵率教无论练兵还是牧民，都是身先士卒亲力亲为，很得了孙承宗不少称赞，孙承宗对他非常赏识。但就因头上顶着一顶贪生怕死的帽子，赵率教和周边的明军将领，关系却一直都不算融洽。
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