神宗死后，儿子光宗只做了一个月皇帝就因误服药物而死。光宗的儿子朱由校接位，历史上称为熹宗，年号天启。光宗做皇帝的时间极短，留下的麻烦却极大，明末三大案梃击、红丸、移宫，都和他的皇位及生死有关。众大臣分成两派，纷争不已。纷争牵涉到旁的一切事情上，只要是对方一派之人所做的事，不论是对是错，总是拿来激烈攻击一番。
熹宗接位时虚岁十六岁，其实不满十五岁，还是个小孩子，他对乳母客氏很依恋。这个客氏很喜欢弄权，在宫里和太监魏忠贤有点古怪的性关系。宫里太监和宫女很多，为了寂寞而互相安慰，大家私下恋爱，然而太监是阉割了性机能的阴阳人，所以这既不是异性恋爱，又不是同性恋，当时称为“对食”，意思说不能同床，只不过相对吃饭，互慰孤寂而已。魏忠贤做了客氏的对食，渐渐掌握了大权。
熹宗是个天生的木匠，最喜欢做的事，莫过于锯木、刨木、油漆而做木工，手艺高明得很。魏忠贤总是乘他做木工做得全神贯注之时，拿重要奏章去请他批阅。熹宗怎肯放下心爱的木工不理？把手一挥，说道：“别来打扰，你瞧着办去吧。”于是魏忠贤就去瞧着办了，越来越无法无天。
朝里自有一批谄谀无耻之徒去奉承他，到后来，魏忠贤成了实际上的皇帝。熹宗是“万岁”，有些官员见了魏忠贤叫“九千岁”，表示他只比皇帝差了一点儿。到后来，个人崇拜更是大张旗鼓，搞得如火如荼，全国各地为魏忠贤建生祠。本来，人死了才入祠堂，可是他“九千岁”老人家活着的时候就起祠堂，祠中的神像用真金装身，派武官守祠，百官进祠要对他神像跪拜，那是货真价实的个人崇拜。
魏忠贤本来是个无赖流氓，年轻时和人赌钱，大输特输，欠了赌帐还不出，给人侮辱追讨，实在吃不消了，愤而自己阉割，进宫做了太监。他不识字，但记性很好，是个完全没有受过教育的赌棍。当世第一大国的军政大权却落在这样的人手里。
熊廷弼在辽东练兵守城，招抚难民，整肃军纪，修治器械，把局面稳定下来。他所接手的那个烂摊子，给他整顿得有些像样了。满清见对方有了准备，就不敢贸然来攻。但朝里敌对一派的大臣却来跟他过不去，不断上奏章攻击，说他胆小，不敢出战；说他无能，不能尽复失地。于是朝廷革了熊廷弼的职，听候查办，改用袁应泰做统帅。
袁应泰是第一流的水利工程人才，一生修堤治水，救济灾民，大有功劳。他性格宽仁，办事勤勉，打仗却完全不会。满清努尔哈赤得知熊廷弼去职，大喜过望，便领兵来攻。袁应泰率军应战，七万兵大溃。清兵占领沈阳，又击破了明军的两路援军，再攻辽阳。明兵又大败，满兵取得军事要塞辽阳。
军事局势糟糕之极，朝廷束手无策，只好再去请熊廷弼出来，惩罚了一批上次攻击他的官员，算是给他平气。可是兵部尚书张鹤鸣和熊廷弼意见不合，只喜欢马屁大王巡抚王化贞，嘱咐王化贞不必服从熊廷弼指挥。
王化贞向朝廷吹牛，只须六万兵就可将满清一举荡平。朝廷居然信了他的。熊廷弼极力认为准备不足，不可进攻。兵部尚书却一味袒护王化贞。于是王化贞领兵十四万出战，一交锋全军溃没。清兵攻占坚城广宁。总算熊廷弼领了五千兵殿后，保护难民和败兵数十万退入山海关。朝廷不分青红皂白，将王化贞和熊廷弼一起逮捕。张鹤鸣免职。
到这时为止，明清交锋，已打了三场大仗。每一仗明军都是大败。
明兵的战斗力固然不及清兵，但也不是不能打，不肯打。每一个大战役，总兵官都阵亡，副将、参将也大都阵亡。明兵人数都超过清兵数倍，武器更先进得多，有火器。三个大战役的失败，主因都是在于军队没有准备、缺乏训练，以及主帅战略不当，指挥错误。军务废弛，士气低落，当然也是由于统帅失责。
以中国之大，为甚么经常缺乏有才能的统帅？根本症结是在明朝一个绝对荒谬的制度：由文官指挥战役。
这个制度的根源，在于皇帝不信任武官。明朝皇帝不信任武将，怕他们手里有了武力，就会抢夺皇帝的宝座，先是派文官去军中监视，后来索性叫文官做总指挥，到后来连文官也不信任了，于是再加派太监作监军。太监既是皇帝的心腹亲信，另有一样好处，太监没有儿子，篡位的可能性就很小。做了皇帝而不能传于子孙，做皇帝的兴趣就大打折扣了。明朝御史的权力很大，有权监察各行政部门。大学士代皇帝拟的圣旨、六部尚书所下的决定，御史都可放言批评，而且批评经常发生效力。皇帝派去监察武将的“总督”、“巡抚”，后来就变成了总司令、总指挥。
但要做到御史，通常非中进士不可。要中进士，必须读熟四书五经，书法漂亮，会做起承转合的八股文。明朝读书人如何废寝忘食的学八股文、考进士，读一下《儒林外史》就很清楚了。明朝派去带兵、指挥大军，和清军猛将锐卒对抗的，却都是这批熟读诗云子曰、八股文做得很好的进士。明末抗清有三个名将，功勋卓着：熊廷弼是万历二十五年的解元（唐伯虎一类身分），万历二十六年的进士。孙承宗是万历三十二年的进士第二名（榜眼）。袁崇焕是万历四十七年进士。他们三个是文官，幸亏碰巧有用兵的才能。本来明末皇帝的运气不坏，做八股文考中进士的文人之中居然出现了三个军事专家。然而文官会带兵，那就是危险人物。明朝皇帝罢斥了其中一个，杀死了另外两个。
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