我的朋友，科学家林清博士则撰文指出：
我认为，朱清时院士关于科学的终极是佛学，关于量子意识、人体真气以及存在超能力等观点，都是完全违背科学界的主流认知的，绝大多数科学家都不会接受他的观点。受过科学训练具有基本科学素质的人，大多数都能一眼看穿他这些观点的荒谬，他的观点也没有任何实验事实的支持，而只是主观意识极为强烈的所谓个人体验，批驳他的观点与具体学科无关，事实上它所探讨的主题也不是它自己的专业范畴。
问题在于，他这些观点是在挑战整个现代科学论证的基本底线，比如把科学与佛学等同，认为人体存在超自然力等，这都是与基本科学常识相违背的。
科学当然允许，有不同的观点，哪怕是一直看起来十分荒谬的观点。我们并不是说他不能有这样的观点，他当然可以拥有这些观点。他如果到学术刊物去投稿或是在学术讨论会去做学术报告，我认为都是合理的。但是，他作为一个具有较高知名度的名人，曾经的中科大和南科大校长，中科院院士，以这么耀眼的头衔去向公众宣传他这个与主流科学认知相违背的观点，这是一种极不负责任的态度。
由于朱清时的听众和粉丝群体当中存在着数量颇为可观的人群，他们在科学领域的训练方面相对匮乏，对于究竟何为科学方法这一概念知之甚少。正因如此，这些人极有可能会轻而易举地被笼罩在朱清时头顶那耀眼的光环所蒙蔽双眼，从而天真地认为只要是从他口中说出的话语便一定是正确无误的真理。每当听闻朱清时宣称有所谓的“新发现”之际，他们便会按捺不住内心的激动情绪，仿佛自己已然触摸到了科学界最前沿的奥秘。更有甚者，或许会不假思索地沿着他所指引的思维路径一路前行，直至最终陷入一条毫无出路可言的死胡同之中仍浑然不觉。
尤为令人担忧的是，朱清时的这份报告竟然如同瘟疫一般在网络世界中迅速蔓延开来，其传播范围之广、影响之大简直超乎想象。真不知将会有多少那些原本对科学饶有兴致，但却尚未深入掌握科学方法精髓的人们，会在不经意间受到他言论的蛊惑与误导。由此可见，这种行径所带来的危害堪称巨大无比，其性质更是恶劣至极，给整个科学探索的进程蒙上了一层厚重的阴影。
物理学家丁阳则撰文指出，朱清时院士并没有在用科学的方式进行研究，而是纯粹的主观感受：
最近几年，朱清时院士对“真气”理论颇为醉心，在微博上发表了《用身体观察真气和气脉》来解释“真气”是怎么回事以及与意识之间的关系。这次举行的讲座便是以此为主题。讲座中，朱清时表示，“真气可以产生强烈的生理感受，可以让身体发热、一念不生、并有极大的快乐。无论修炼时生理感受多强烈，事后都会身体轻安，感官敏锐，而且，智力还会明显提高。”作为科学界极有分量的人物，朱院士尝试用科学理论来解释这是怎么回事，他谈到“所谓真气其实就是这样一种保持生命力并让它越来越旺盛的机制，就是麦克斯韦妖。古人发明的禅定可以升起真气，就是可以产生更多更高效的麦克斯韦妖，保持和提高生命力。”
把“麦克斯韦妖”这么一个物理学概念与禅定、真气等说法结合在一起，对于受过足够科学教育的人来说，这实在是很难接受。但类似的做法朱清时院士近年来可以说是反复在使用，比如以“量子叠加态”来说明“没有意识就没有客观世界”，以“量子纠缠”来说明人的“意识”（灵魂）能够存在于宇宙之中。
满篇的科学术语，能否说明朱院士是在用科学的方式进行研究？
并不能。
对于绝大多数科学知识还停留在中学、甚至已经还给老师的人来说，并不懂得“麦克斯韦妖”“量子叠加态”“量子纠缠”到底是什么意思，看到朱院士自己亲身去“实践”真气理论，用科学术语来“钻研”科学与佛学、意识之间的关系，会想当然地认为朱院士真的是在搞科研，即使结论可能有问题，但做法是说得通的。比如点赞颇多的一个网友跟帖是这么说的，“他如果以科学系统的方式去研究真气，证实真气不存在也算科研成果。那如果证实了人体内存在脉络之说那不也是大功一件。研究怎样的课题没什么好笑的，关键看他怎么论证。”
朱清时院士的这套理论，用了很多类似“麦克斯韦妖”之类的科学术语。
但朱院士果真是以科学的方式在进行研究吗？这点令人怀疑。
例如，朱院士宣称真气可以产生强烈的生理感受，会让“身体轻安”、“感官敏锐”、“智力明显提高”，他还明确说这不是心理作用。
身为一名科学家，朱院士按道理应当深刻地意识到，此次所涉及的研究领域已然远远超越了当下医学界以及生理学界现有的认知范畴，其突破性之大甚至堪称具有颠覆性意义。然而，依据科学界一贯遵循的常规准则来看，任何超乎寻常的论断都必须要有极为坚实有力的证据来予以支撑才行。可是令人感到诧异的是，朱院士不仅未能提供出哪怕一丝一毫能够佐证其观点的实质性证据，而且对于为何他的主张会与业内普遍认同的理念存在如此巨大差异这个关键问题也是只字不提。
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