十月二十五日，以潘和五为首的华人船员决定发动起义。将马尼拉总督戈麦斯杀死。潘和五等华人雇佣兵因不满西班牙士兵对他们的暴虐，近百名西班牙士兵也被华人们一同杀死，潘和五带着二百五十人抢走了西班牙旗舰，分别逃到了越南和中国老家。
西班牙人从此变得不再信任华人，中西双方的矛盾不断加深。
后来万历皇帝派人到马尼拉附近寻金，这一行动引起了西班牙人的恐慌，西班牙人在马尼拉只有一千来人，可是华人在马尼拉足有三万人。一旦万历皇帝有夺取马尼拉的想法，西班牙根本无力反抗。
而且由于西班牙人对华人残暴统治，收取重税等行为，已经引起华人严重不满。
西班牙人认定如果万历皇帝一旦派兵，这些华人必然反叛。
因此西班牙人在中国官员离境后，便立即开始加固城墙，强化马尼拉城的防御，并以将要征讨南边的摩洛人为名，高价收购华人切肉刀具以及各种铁器，打算使华人“无复寸铁”。
八月的一天，涧内唐人街冲进来大批的西班牙士兵、还有马尼拉日本人町的倭人武士和邦邦牙土着，以收缴金属器具为名，大肆洗劫了一些商铺，杀死了几名潮州商人。
华人奋起反抗，几名倭人武士被杀死。
涧内的华人甲必丹（总管）黄康出面安抚众人，并代表众华人去向总督陈情；他回来时声称总督大人保证合法商人的安全，并要求大家把所有的金属器具都卖给干系腊人，黄康甚至愿意替干系腊人高价收购华人切肉小刀。
黄康本人住在涧内对岸的华人基督徒居住区比农多，是个受洗礼的华人天主教徒。而其他不信教的华人见了西班牙人的举动，也打听了西班牙人的计划，心生怀疑，担心遭到西班牙人毒手，加上平时受到西班牙人欺压的华人不在少数，有冤无处申诉，于是一些人开始秘密集会，商讨如何自卫。
1603年九月二十六日中午，人心惶惶的马尼拉城内，一名黑人女奴突然口吐白沫，翻着白眼预言：圣弗朗西斯节当天（天主教纪念方济各会教派创始人圣弗朗西斯的日子），马尼拉将发生大火，尸横满街。当天这个预言传遍了马尼拉城，所有欧洲人都在默默祈祷。
十月三日，圣弗朗西斯节前夕，菲律宾总督阿古纳接获密报，有三百名生理人秘密聚会，密谋举事，其中多为种菜的华人菜园户，当即召开作战会议，下令军士准备打仗。
在事发前，涧内的中国人本着同胞情分去比农多的华人基督徒居住区，打算联络他们，但是华人基督徒并不认为西班牙人会对他们动手，拒绝了涧内华人同胞的好意。
但是，西班牙人进行的第一个屠杀行动就是对着比农多的华人基督徒去的。总督大人还在集结人手时，一伙西班牙士兵带着土着邦邦牙人仆从冲入比农多的几处庄园，将300名华人基督徒以检查户口的名义集体带出门，然后把他们赶进马奎那庄园的农场大棚。接着，西班牙军官马奎那上尉开枪射击，所有的士兵都向大棚开火，邦邦牙土着则是向内射箭。事先已经布置了引火物的大棚立即着火，伴随着火苗和浓烟的，是无数凄惨绝望的哭号。一个尚未冒出火苗的窗口，一名剃着短发的华人基督徒趴到窗口用西班牙语大叫：“Soy cristiano！”（我是基督徒！）
结果他被西班牙上尉马奎那抬手一枪打死了，有身手敏捷的华人从窗口跳出来，但没等落地就被火枪打死，或者被土着的弓箭射中，要不就是被长矛刺死。
上尉马奎那在昨天晚上子时正式执行了诱杀计划，他把土兵中的几十名华人都叫到一间木屋子。然后，反锁大门，命令其他士兵将木屋堆上柴草，点火一举清除了部队中的华人士卒。
上尉马奎那已经带人杀死了至少一百多个华人，看到一名明艳的华人少女，他不顾女孩的反抗，发泄着兽欲，少女一直哭着喊：“不要，为什么？……”
上尉马奎那狞笑着：“因为你是大明人。”
西班牙士兵们兴奋地开着枪，土着热情地射箭、捅长矛，毫不留情地杀死一切企图逃离火海的华人基督徒。一名西班牙军官拎起一小桶火药，从冒出火焰的窗口中扔了进去。
不管这些华人是否信仰天主教，他们洗不白自己的肤色，作为天生种族主义者的西班牙人并不放心他们。
第二天，被西班牙人集体屠杀的消息惊呆的华人们开始渡过巴石河，为数有数千，去北面沼泽区的通多避难。很多他加禄妇女紧跟着自己的华人丈夫渡河，怀中抱着的婴儿也在啼哭不止。通多远离马尼拉王城，当时是未开发的沼泽地带。比农多的另外一部分华人还对西班牙人抱有幻想，没有离开。
华人渡过巴石河，河面上密密麻麻的都是人。有几名西班牙军官骑着高头大马，带着十几个西班牙士兵出现在河岸，一群邦邦牙弓箭手跟在后面，在接近华人人群后，开始拉弓射箭。西班牙军官指挥人马挥剑冲向华人，赶得人们四散奔逃，留下了遍地的死者和伤者。
西班牙人的史料中，记载到：被逼急的华人们拿着竹棒、木棍、石头、树枝，在一名大汉带领下，冒着箭矢和枪弹聚集起来，不断有人中箭中弹倒地，但华人们坚持冲向西班牙人，河滩一带聚集了近两千多华人，几名邦邦牙土着被华人们反击得手，有几人立刻被砸得脑壳崩裂，死的很惨。
骑在马上的西班牙军官吃了一惊，赶紧带着人撤退。邦邦牙弓箭手也跟着转向，跟在西班牙人身后走了。
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