随着怪物的消失，星球表面的深坑停止了扩张，但能量异常波动仍未完全平息。萧刻奥特曼深入坑底调查，发现了一块散发着幽光的晶体，晶体中似乎封印着一些模糊的影像和神秘的符文。正当他准备仔细研究时，晶体突然发出一股强大的吸力，将他再次卷入了时空旋涡。
当萧克奥特曼再次睁开眼睛，发现自己身处一个繁华的星际都市。城市中高楼林立，各种飞行器在空中穿梭，街道上行人来来往往，但他们的表情都十分冷漠，眼神中透露出一种迷茫。萧刻奥特曼试图与路人交流，却发现他们对自己的存在视而不见，仿佛他处于另一个维度。
他在城市中漫步，寻找着线索。来到一座宏伟的科技馆前，馆内展示着各种先进的科技设备和星际历史资料。在一个展厅里，他发现了关于之前那个时空和黑色怪物的记载。原来，这个时空曾经遭受过一场黑暗势力的入侵，虽然最终被击退，但黑暗力量的残余仍在宇宙中潜伏，不断寻找机会复苏。而他所击败的黑色章鱼怪物，就是黑暗残余力量的产物之一，被派来破坏各个时空的稳定，为黑暗势力的全面回归做准备。
就在他阅读这些资料时，科技馆的警报突然响起，整个城市陷入了混乱。一群机械生命体从四面八方涌来，它们身形矫健，装备着各种武器，对周围的一切展开攻击。萧刻奥特曼立刻加入战斗，他发现这些机械生命体的行动似乎受到了某种中央控制系统的指挥，它们之间配合默契，攻击有序。
萧刻奥特曼运用光线技能和格斗技巧，逐渐摧毁了一批机械生命体，但它们源源不断地涌来，数量似乎没有尽头。在战斗过程中，他发现了机械生命体的能量传输线路，顺着线路追踪，来到了城市的地下核心区域。这里有一座巨大的能量塔，塔上闪烁着红色的光芒，正是它在向机械生命体传输能量并下达指令。
萧刻奥特曼冲向能量塔，却遭到了能量塔周围防护系统的猛烈攻击。一道道激光束和能量护盾阻挡着他的前进，他艰难地躲避着攻击，同时寻找防护系统的破绽。终于，他发现了能量护盾的一个薄弱点，他集中力量，用徽章强化后的光线打破了护盾，成功接近能量塔。
当他触碰到能量塔时，塔内的程序启动了自毁机制，倒计时开始。萧刻奥特曼必须在有限的时间内解除自毁程序并关闭能量塔，否则整个城市都将被炸毁。他凭借着对科技的了解和强大的意志力，在复杂的程序代码中寻找着自毁程序的关键节点。时间一秒一秒过去，倒计时越来越近，就在最后一刻，他成功找到了关键节点并解除了自毁程序，关闭了能量塔。
随着能量塔的关闭，机械生命体失去了动力和指挥，纷纷停止了攻击，瘫痪在城市各处。城市的居民们从惊恐中逐渐恢复过来，他们开始意识到萧刻奥特曼的拯救行动。一位年长的科学家走到萧刻奥特曼面前，向他表示感谢，并告诉他，这个时空还有一个地方可能隐藏着黑暗势力的最终秘密，那就是位于星系边缘的一座古老的时空神庙。
萧刻奥特曼决定前往时空神庙一探究竟。在科学家的指引下，他乘坐飞行器穿越了星系，来到了一片神秘的星云区域。星云散发着五彩斑斓的光芒，其中隐藏着各种危险的能量陷阱和星际尘埃风暴。萧刻奥特曼小心翼翼地在星云中穿梭，终于找到了那座古老的时空神庙。
神庙矗立在一片黑暗的虚空之中，周围环绕着古老的符文和能量屏障。萧刻奥特曼运用徽章的力量，突破了能量屏障，进入了神庙内部。神庙内弥漫着一股神秘的气息，墙壁上刻满了宇宙的起源和发展的壁画，以及各个时空的英雄事迹。在神庙的中央，有一个巨大的水晶球，球内闪烁着无数的星光，似乎蕴含着宇宙的所有秘密。
当萧克奥特曼靠近水晶球时，水晶球突然释放出一道强烈的光芒，将他笼罩其中。在光芒中，他看到了黑暗势力的起源和它们的终极计划。原来，黑暗势力来自于一个遥远的平行宇宙，它们企图吞噬所有的时空，将宇宙纳入自己的统治之下。为了实现这个目标，它们在各个时空制造混乱，寻找强大的能量源和勇士的力量来增强自己。
萧刻奥特曼深知自己肩负的责任重大，他必须阻止黑暗势力的阴谋。就在这时，水晶球中传出一个声音：“萧刻奥特曼，你是被选中的守护者，但你要面对的挑战将超乎想象。只有找到宇宙之心，融合其力量，才能彻底击败黑暗势力。”
“宇宙之心在哪里？”萧刻奥特曼问道。
“它隐藏在无尽的时空迷宫之中，你需要穿越多个时空，解开一系列的谜题和挑战，才能找到它的踪迹。”声音回答道。
萧刻奥特曼没有丝毫犹豫，他做好了准备，踏上了寻找宇宙之心的旅程。他离开了时空神庙，利用徽章的力量开启了时空隧道。在时空隧道中，他遭遇了各种危险，如时空乱流、能量旋涡和神秘的时空生物。但他凭借着坚定的信念和强大的实力，一次次化险为夷。
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