在党内高层大开杀戒的同时，斯大林那多疑的目光，也投向了另一个可能威胁到他绝对权力的重要领域——苏联红军。
红军，这支在内战炮火中成长起来的军队，虽然是苏维埃政权的“枪杆子”，但斯大林对它并不完全放心。一方面，军队中仍然有不少指挥员是沙俄时代的旧军官，他们的“阶级成分”和“政治忠诚度”在斯大林看来都值得怀疑。另一方面，一些在内战中战功卓着、在军中拥有崇高威望的红军将领，比如被誉为“红色拿破仑”的米哈伊尔·图哈切夫斯基元帅，他们思想独立，敢于发表不同意见，甚至在军事战略和军队建设等问题上与斯大林（以及他宠信的伏罗希洛夫等人）存在分歧。这些人，在斯大林看来，都是潜在的“危险分子”，是可能挑战他权威的“独立王国”。
于是，一场针对红军指挥层的大清洗，以其史无前例的规模和残酷性，在1937年骤然展开！
导火索，据说是一份由德国情报部门（可能是通过捷克斯洛伐克总统贝奈斯转交）“巧妙”地送到斯大林手中的、关于图哈切夫斯基等人与德国军方秘密勾结、企图发动军事政变的“情报”（这份情报的真实性至今存疑，很可能是德国人的离间计，或者是斯大林早已想动手，只是借此为名）。
不管真假，本着宁可杀错一千，不可放过一个的原则，斯大林立刻抓住了这个“把柄”。1937年6月，图哈切夫斯基元帅，以及其他七位红军高级将领（包括方面军司令级别的亚基尔、乌博列维奇等人），在没有任何公开审判的情况下，被秘密逮捕，并以“叛国罪”、“间谍罪”、“参与反苏军事阴谋”等罪名，被迅速判处死刑并立即执行！
图哈切夫斯基的被杀，仅仅是一个开始。紧接着，清洗的屠刀在红军内部疯狂挥舞，从元帅、集团军司令、军长、师长、旅长，一直到团级甚至营级军官，成千上万的指挥员被扣上各种莫须有的罪名，遭到逮捕、审判、处决或送往古拉格。
这场清洗的规模有多大？咱们来看几组令人触目惊心的数据：
元帅级别：当时苏联红军总共只有5位元帅，其中就有3位（图哈切夫斯基、叶戈罗夫、布柳赫尔）被处决！另外两位，伏罗希洛夫和布琼尼，则是斯大林的铁杆亲信，自然安然无恙。
集团军/方面军司令级别将官：15名中，有13名该级别的将领被清洗（包括处决、监禁或解职），几乎占到了当时该级别将官总数的90%以上！
军级指挥员（大致相当于上将）：57人中，有50人遭到清洗，比例高达87.7%！
师级指挥员（大致相当于中将）：186人中，有154人遭到清洗，比例为82.8%！
旅级指挥员（大致相当于少将）：406人中，有336人遭到清洗，比例也高达82.7%！
团级军官（包括政委在内）：据估计，有数千人遭到解职、监禁、流放或处决，至少有60%以上的团级指挥岗位被更换了新人。
总计：在整个大清洗期间，大约有3万5千名红军军官（从尉官到元帅）遭到清洗，这几乎占到了当时红军军官总人数的40%以上！有些资料甚至认为实际比例更高。
红军总参谋部的核心成员几乎被“团灭”，包括参谋长、作战部负责人等关键职位都经历了血腥的“大换血”。新兴的技术兵种，如空军、装甲兵、通信兵等的领导层和技术骨干，更是损失惨重，很多富有经验和创新精神的指挥员和工程师一夜之间“人间蒸发”，导致这些新兵种的发展出现了严重的技术断层和人才断档。
这场对红军指挥体系的“自毁长城”式的清洗，其后果是灾难性的！大量富有实战经验和理论水平的优秀指挥员被无辜杀害，取而代之的是一些虽然“政治可靠”（即对斯大林绝对忠诚）但军事才能平庸、缺乏经验的“速成”干部。红军的指挥效率、战术水平和创新能力都遭到了严重削弱。军队内部弥漫着恐惧和不信任的气氛，人人自危，谁也不敢轻易提出不同意见，只求自保。
斯大林通过这场血腥的“肃军”，确实清除了那些他认为“不可靠”或者可能挑战他权威的军事将领，进一步巩固了对军队的绝对控制。但他为此付出的代价，是苏联国防力量的严重内伤。这种内伤的后果，在几年后爆发的苏芬战争和苏德战争初期，将以极其惨痛的方式暴露出来。
大清洗的恐怖，绝不仅仅局限于党政军的高层精英。它像一张无形的巨网，笼罩了苏联社会的每一个角落，每一个普通干部和普通民众，都可能在毫无征兆的情况下，被卷入这场血腥的漩涡。
斯大林充分利用了他手中掌控的秘密警察系统——内务人民委员部（NKVD），在全国各地大搞“肃反”运动。为了确保“清洗”的“效率”和“成果”，NKVD甚至在各个地区、各个部门都设定了需要逮捕和处决的“敌人”的配额指标！
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