面对日军这种多路穿插、快速突击的打法，本就装备落后、训练不足、指挥混乱的美菲联军，根本无法组织起有效的正面抵抗。他们的防线，如同纸糊的一样，一捅就破，节节败退。很多菲律宾本地士兵，在看到日军的坦克和飞机之后，更是吓得魂飞魄散，一触即溃，甚至成建制地逃散或投降。
麦克阿瑟在最初的几天里，可能还对守住吕宋岛、与日军进行主力决战抱有一丝幻想。但严酷的战场现实，很快就让他清醒了过来。他意识到，就凭手里这点七拼八凑、士气低落的部队，要想在开阔的马尼拉平原上，与装备精良、训练有素、而且还掌握着制空权的日军硬碰硬，那简直就是以卵击石，自取灭亡！
于是，在12月23日（也就是日军主力登陆后的第二天），麦克阿瑟被迫做出了一个痛苦但却相对明智的决定——执行早在战前就已制定好的“橙色战争计划3号”！
这个计划的核心思想，就是放弃在吕宋岛大部分地区与日军进行主力决战，将美菲联军的主力部队，迅速向南撤退，集中到吕宋岛西南部那个地形狭窄、易守难攻的巴丹半岛以及扼守马尼拉湾入口的科雷希多岛要塞，依托那里的有利地形和预设工事，进行持久抵抗，拖延时间，等待美国本土的援军到来。
麦克阿瑟的撤退命令一下，美菲联军就开始了向巴丹半岛和科雷希多岛的大规模战略转移。而为了避免首都马尼拉这座拥有百万人口的繁华城市在巷战中化为焦土，也为了给撤退行动争取更多的时间，1941年12月26日，麦克阿瑟正式宣布马尼拉为“不设防城市”。
1942年1月2日，日军兵不血刃地占领了马尼拉。
马尼拉的“无血开城”，虽然在一定程度上避免了城市的毁灭和大规模的平民伤亡，但其政治和象征意义上的打击，却是极其沉重的：
亚洲最大殖民地的沦丧：这意味着美国在亚洲经营了几十年的、也是其最重要的殖民地和军事前哨，就这样轻易地落入了日本人之手。这不仅是军事上的失败，更是美国国家威望和“帝国脸面”的一次严重崩塌。
菲律宾自治政府的解体：随着日军的到来，由美国扶植的菲律宾自治邦政府（由总统曼努埃尔·奎松领导）被迫流亡（奎松后来在美国病逝）。日本很快就在菲律宾扶植起了一个由亲日分子组成的傀儡政权（以何塞·劳雷尔为首），试图通过“以菲制菲”的方式，来维持其在菲律宾的殖民统治。
军民失去退路，陷入绝境：马尼拉的陷落，也使得大量未能及时撤往巴丹半岛的美军后勤人员、文职官员、以及不愿接受日本统治的菲律宾平民，失去了最后的退路，成为了日军的俘虏或占领下的顺民。
然而，就在这“和平解放”的表象之下，日本侵略者残暴的本性，也开始逐渐暴露出来。日军在占领马尼拉和菲律宾其他地区后，立刻就开始了针对当地抗日分子、华侨以及普通平民的搜捕、迫害和屠杀。大量的美国和菲律宾战俘，也被集中起来，在极其恶劣的条件下关押。这一切，都为日后那场惨绝人寰的“巴丹死亡行军”，埋下了伏笔。
巴丹半岛坚守战——麦克阿瑟的悲壮与背影
将主力部队撤往巴丹半岛和科雷希多岛，进行持久抵抗，这是麦克阿瑟在吕宋岛战局急转直下之后，所能做出的唯一选择。
巴丹半岛，位于吕宋岛西南部，像一只螃蟹的巨螯一样，与南边的科雷希多岛要塞共同扼守着马尼拉湾的入口。这里地形复杂，多山林，道路稀少，易守难攻，确实是一个进行持久防御的理想场所。
退守到巴丹半岛和科雷希多岛的美菲联军，总兵力大约还有七八万人（其中美军约一万五千人，其余为菲律宾士兵）。他们依托着半岛上预设的（虽然并不完善）防御工事和科雷希多岛上坚固的海岸炮台，准备与数倍于己的日军，进行一场实力悬殊、也注定没有希望的困兽之斗。
战斗从1942年1月开始，一直持续到4月初，打得异常艰苦和惨烈。
粮弹不足，补给断绝：由于撤退仓促，美菲联军携带的粮食、弹药和药品都非常有限。在日军的严密封锁下，外部的补给也根本无法运进来（美国海军在珍珠港事件后，早已自顾不暇，根本无力组织大规模的救援和补给行动）。士兵们每天只能领到极少量的口粮（主要是大米和罐头鱼），很多人都饿得面黄肌瘦，骨瘦如柴。弹药也越打越少，很多炮兵阵地最后甚至连炮弹都打光了。
疾病肆虐，非战斗减员严重：巴丹半岛地处热带，气候湿热，蚊虫滋生。在缺乏药品和卫生条件极差的情况下，疟疾、痢疾、脚气病、坏血病等各种热带疾病，像瘟疫一样在守军中迅速蔓延开来。营养不良和疾病的折磨，使得大量的士兵失去了战斗力，非战斗减员的人数，甚至超过了战斗伤亡的人数。
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