柯南攥着追踪器的手指骤然收紧，屏幕上的红点在万花筒状的建筑中诡异地消失。就在他准备潜入时，一道猩红的闪电撕裂夜空，裹挟着他坠入扭曲的时空漩涡。当他再次睁开眼，眼前不再是米花町的霓虹，而是木叶村标志性的巨大火影岩。
"小朋友，你怎么一个人在这里？"温柔的女声传来。柯南抬头，看到春野樱蹲在面前，粉色发梢扫过他沾满尘土的额头。就在这时，远处传来爆炸声，鸣人踩着螺旋丸炸出的气浪掠过树梢，佐助的千鸟流在云层间划出蓝紫色的弧光。柯南瞳孔骤缩——那些飞溅的黑色衣角，和黑衣组织的制服如出一辙。
深夜的木叶医院，柯南将麻醉针藏在袖口，向第七班展示从爆炸现场捡到的金属碎片。"这个纹路，和黑衣组织制造的窃听器完全一致。"他推了推反光的眼镜，"他们正在收集尾兽查克拉，试图制造超越APTX4869的生化武器。"
佐助突然按住剑柄："三天前，我在音忍村遗迹发现类似组织，他们能吸收忍术化为己用。"鸣人掰碎手里的冰棍，碎屑间隐约闪过银色的芯片："上次和佩恩战斗时，有个戴黑礼帽的家伙在暗中录像！"
随着调查深入，他们发现雨隐村地下实验室里，黑衣组织的科学家正在用咒印技术改造克隆人。柯南操控着太阳能滑板冲入实验室，足球精准击中核心设备，鸣人趁机用影分身困住敌人。但当佐助斩断最后一名守卫的瞬间，实验室突然亮起红色警报，一个戴着乌鸦面具的男人冷笑着按下按钮："你们太慢了。"
冲天的火光中，柯南看到数十具浸泡在培养液里的躯体，他们额头上都烙着银色的"APTX"字样。小樱拼尽全力护住伤员，却发现医疗忍术对那些机械改造的敌人毫无作用。危机时刻，柯南将变声器调成三代火影的声音，成功调动木叶的暗部支援。
决战在终末之谷爆发。黑衣组织首领带着机械九尾现身，它的利爪划过之处，岩石瞬间结晶化。鸣人开启九喇嘛模式，佐助须佐能乎与柯南的足球机甲形成掩护阵型。当柯南用特制麻醉弹击中机械九尾的能源核心时，首领却突然撕开空间裂缝，身后浮现出柯南世界的高楼大厦。
"江户川柯南，火影忍者..."首领摘下兜帽，露出半边机械义眼，"两个世界的法则正在融合，你们以为能阻止命运？"佐助的天照烧穿了他的披风，却只留下满地破碎的全息投影。空间裂缝闭合前，首领冰冷的声音回荡在山谷："当月亮变成血色，真正的游戏才刚刚开始。"
望着渐渐消散的黑雾，鸣人握紧拳头："下次见面，绝对不会让他们逃走！"柯南捡起地上的芯片碎片，上面的代码正在不断重组。他知道，黑衣组织跨越时空的阴谋，才刚刚掀开冰山一角。
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