中平五年（公元188年）
这年春天，正月丁酉日，皇帝大赦天下。
二月，紫宫星座附近出现彗星。
黄巾军的残余势力郭大等人，在河西的白波谷起兵，他们四处攻打太原、河东等地。
三月，屠各胡发动袭击，杀死了并州刺史张懿。
太常、江夏人刘焉看到朝廷接连出事，就向皇帝建议说：“各地之所以战乱不断，是因为刺史权力太小，既管不住地方，又有很多不称职的人担任此职，才导致百姓反叛。应该改设州牧，选拔有名望、有能力的大臣去担任，这样才能稳定局势。”其实刘焉心里盘算着去交趾当州牧。侍中、广汉人董扶私下对刘焉说：“京城马上要大乱了，而益州地区有出天子的气象。”刘焉一听，立刻改变主意，请求去益州任职。正好此时益州刺史郤俭横征暴敛，搞得民怨沸腾，百姓的不满传到了朝廷。再加上耿鄙、张懿都被叛贼杀害，朝廷便采纳了刘焉的建议，选派列卿、尚书等官员担任州牧，而且都保留原来的品级。于是，刘焉被任命为益州牧，太仆黄琬为豫州牧，宗正、东海人刘虞为幽州牧。从此，州牧的权力越来越大，成为影响地方局势的关键人物。刘焉是鲁恭王的后代，刘虞则是东海恭王的五世孙。刘虞曾经担任过幽州刺史，当地百姓和外族都感念他的恩德，所以朝廷才再次重用他。董扶和太仓令赵韪得知消息后，直接辞去官职，跟着刘焉一起前往蜀地。
朝廷下令征调南匈奴的军队，配合刘虞去讨伐张纯。南匈奴单于羌渠派左贤王率领骑兵前往幽州。但南匈奴的百姓害怕朝廷没完没了地征兵，于是右部落发动叛乱，他们联合屠各胡，集结了十多万人，杀死了单于羌渠。之后，南匈奴人拥立羌渠的儿子右贤王于扶罗为持至尸逐侯单于。
夏天，四月，太尉曹嵩被罢免。
五月，朝廷任命永乐少府、南阳人樊陵为太尉，但到了六月，樊陵又被免职，这频繁的人事变动，也反映出朝廷内部的混乱。
在益州，贼寇马相、赵祗等人在绵竹起兵，他们打着黄巾军的旗号，杀死了刺史郤俭，接着又攻打巴郡、犍为。短短一个月，就占领了三个郡，聚集起几万人马，马相甚至自称天子。益州从事贾龙率领官吏和百姓奋起反抗，经过几天激战，将马相等人击退，益州境内暂时恢复平静。贾龙随后挑选人马，迎接刘焉入蜀。刘焉把治所迁到绵竹，他安抚那些反叛的人，推行宽松惠民的政策，希望借此赢得民心。
这一年，多个郡国发生严重水灾。
已故太傅陈蕃的儿子陈逸，和术士襄楷在冀州刺史王芬那里聚会。襄楷说：“从天文星象来看，对宦官非常不利，那些黄门、常侍恐怕要被灭族了。”陈逸听了十分高兴。王芬说：“要是这样，我愿意带头除掉他们！”于是，王芬联络各路豪杰，还上书朝廷，说黑山贼正在攻打郡县，想借此机会起兵。正好皇帝打算北巡河间旧宅，王芬等人便谋划在途中带兵劫持皇帝，杀掉所有常侍、黄门，然后废掉皇帝，改立合肥侯为帝。他们把这个计划告诉了议郎曹操。曹操却说：“废立皇帝这种事，是天下最凶险的事情。古时候有人权衡利弊后成功实施，比如伊尹、霍光。但他们心怀忠诚，又手握大权，顺应众人的意愿，所以才能成功。现在你们只看到以前的容易，没看到如今的艰难，想做这种惊天动地的大事，还想确保成功，这不是很危险吗？”王芬又邀请平原的华歆、陶丘洪一起谋划。陶丘洪本打算参与，华歆却劝阻说：“废立皇帝是大事，连伊尹、霍光做起来都不容易。王芬性情疏阔又没什么军事才能，肯定成不了事。”陶丘洪这才打消念头。不久，北方夜半时分出现红色云气，横贯天空。太史向皇帝奏报：“北方有阴谋，陛下不宜北行。”皇帝于是取消行程，还下令王芬停止军事行动，没过多久又要召见他。王芬害怕事情败露，丢下印绶逃跑，跑到平原后，自杀身亡。
秋天，七月，朝廷任命射声校尉马日磾为太尉。马日磾是马融的族孙。
八月，朝廷首次设立西园八校尉。任命小黄门蹇硕为上军校尉，虎贲中郎将袁绍为中军校尉，屯骑校尉鲍鸿为下军校尉，议郎曹操为典军校尉，赵融为助军左校尉，冯芳为助军右校尉，谏议大夫夏牟为左校尉，淳于琼为右校尉，并且都归蹇硕统领。自从黄巾军起义后，皇帝开始关注军事。蹇硕健壮勇猛，又有军事谋略，深受皇帝信任，就连大将军何进也要受他节制。
九月，司徒许相被罢免，司空丁宫改任司徒，光禄勋、南阳人刘弘被任命为司空。
朝廷任命卫尉、条侯董重为骠骑将军。董重是永乐太后哥哥的儿子，他的任职也反映出宫廷内部势力的博弈。
冬天，十月，青州、徐州的黄巾军再次兴起，攻打周边郡县，战火重燃。
有善于观测天象的人说，京城将有大战，皇宫中会有人流血。皇帝为了破解这个预言，大规模征调各地军队，在平乐观下举行军事演习。他让人修建了一个大坛，上面立起十二层华盖，高达十丈；在大坛东北又建了一个小坛，上面有九层华盖，高九丈。演习现场，数万名步兵、骑兵列阵扎营。甲子日，皇帝亲自前来视察军队，他坐在大坛的华盖下，大将军何进则在小坛的华盖下驻扎。皇帝还穿上铠甲，给马披上战甲，自称“无上将军”，绕着军阵巡视三圈后才返回，然后把军事指挥权交给何进。皇帝问讨虏校尉盖勋：“我这样演习，怎么样？”盖勋回答说：“我听说古代贤君靠德行服人，而不是炫耀武力。现在敌人远在天边，却在近处大摆阵势，这既不能显示您的果敢坚毅，反而显得穷兵黩武！”皇帝说：“说得好！可惜现在才认识你，之前群臣都没说过这样的话。”盖勋对袁绍说：“皇上其实很聪明，只是被身边的人蒙蔽了。”他和袁绍商量着要一起除掉皇帝身边的宠臣。蹇硕得知后非常害怕，就把盖勋调出京城，去当京兆尹。
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