二、 重建野战军：通过考核的九万八千余合格兵员，打破原有卫所、营镇的地域和隶属界限，全部转为脱产职业战兵。以此为核心，整编组建新的“南直隶镇戍军”。该军初步规划为：
- 陆军：编为前后左右中五军，每军额定约一万五千人（含辅兵），设总兵官统领。下设营、哨、队、什，完全仿新军编制。其中，中军及前、后军一部，驻防南京及周边要地；左、右军及前、后军余部，分驻镇江、常州、扬州、安庆、池州等沿江重镇。
- 水师：以原江防水师及沿江各营水军精锐为基础，汰弱留强，整编为长江水师，辖大小战船若干，分驻南京、镇江、江阴、安庆，设水师总兵周瑞统领。
- 所有镇戍军官兵，彻底与屯田、杂役脱钩，成为专职作战之职业军人。饷银、粮秣、器械，由朝廷统一供给，标准参照新军，略低但远优于旧制。设立严格的升迁、赏罚、操演、退役制度。
三、 废除世兵，卫所虚化：借此整编，南直隶境内所有实土卫所，其军事职能彻底剥离。卫所军户，愿从军且合格者，转入新编镇戍军；其余愿务农者，可承种原卫所屯田，但需缴纳赋税，等同于民户；老弱及不愿务农者，可转入“治安维持役”或由地方安置。卫所军官，经考核，优者留用于新军或地方治安系统，劣者革职。卫所建制，从军事单位，逐渐转化为单纯的地理单位或屯田管理单位。此乃触及大明军事根本之巨变，旨在彻底解决卫所制度下“兵不兵、农不农”、战斗力低下的百年积弊。
诏令颁下，南直隶官场、军界，乃至市井民间，再次巨震。如果说之前的汰革和考核是刮骨疗毒，那么这一次的整编，便是彻底的脱胎换骨！近十万职业战兵的构想，废除世兵卫所的决断，将裁汰兵员转为地方治安力量的安置……每一项，都石破天惊。
那些通过了考核的营卫，主官擢升有望，兵丁待遇提升，自然是欢欣鼓舞，摩拳擦掌，期待着新军制下的前程。而那些被裁撤的营卫，在最初的恐慌和抗拒后，得知大部分人可转为“治安兵”，虽地位待遇不如正规战兵，但总算有条活路，且脱离军籍、就近安置，对许多本就不愿当兵、只是迫于世袭或生计的军户而言，未尝不是一种解脱，抵触情绪大为缓和。当然，被裁撤的军官，尤其是那些世袭卫所官、吃空额成性的蠹虫，则是彻底失去了依托，怨恨与绝望，在暗中积聚。
新的“南直隶镇戍军”开始紧锣密鼓地整编。 教导总队的官兵们，在完成考核使命后，大部分被留用，作为新军的骨干教官和基层军官，分散编入各军。孝陵卫三千新军，则成为新军的核心种子和教导队，大量军官和资深士卒被抽调，充任新编各军的营、哨、队级主官或副职。陈鹏、施琅、徐弘基等新军将领，俱获擢升，分领新军要职。周谌则以平虏将军、总督京营戎政身份，总摄新编南直隶镇戍军（陆军）及长江水师，权责更重。
南京兵部衙门内，灯火彻夜不息。万元吉与一众幕僚、属官，正根据考核结果和监国方略，紧张地拟定着具体的整编方案、驻防部署、饷章细则、将弁任命。户部、工部也在连夜核算钱粮、调拨器械。这是一项庞大而复杂的工程，牵扯无数人的利益和命运。
南京，文华殿。
朱常沅面前摊开着最新的整编方案草案，眼中带着疲惫，更带着锐利的光芒。这场整军，已远远超出了最初的军事范畴，触及了户籍、田制、财政、地方行政等多个层面。他知道，真正的挑战才刚刚开始。近十万职业军队的巨额粮饷从何而来？彻底废除世兵制带来的卫所利益集团的反弹如何化解？新编的镇戍军能否迅速形成战斗力？转为“治安兵”的那数万人，能否有效维持地方秩序，而不至于成为新的祸患？
“监国，此策虽善，然耗费浩大，牵动甚广。国用维艰，恐难持久。” 户部尚书严起恒面带忧色。
“卫所世官，其家族盘根错节，骤然夺其根本，恐生大变。” 一位老成持重的大臣也委婉提醒。
朱常沅沉默片刻，缓缓道：“诸卿所虑，孤岂不知？然沉疴需用猛药，积弊当行霹雳手段。卫所不废，兵终不可用；兵不可用，国终不可保。至于钱粮，” 他目光扫过殿中诸臣，“清丈屯田，追缴积欠，核实赋税，严查中饱，汰除冗员……可开源之处，并非没有。况且，养十万可战之兵，胜于养二十万无用之卒。此乃存亡续绝之举，纵有千难万难，亦当行之！”
他站起身来，走到悬挂的巨幅舆图前，手指划过长江沿线：“整军，非为穷兵黩武，实为固本培元。有一支可战之兵镇守江防，则江南半壁可安，朝廷方可喘息，方可图谋恢复。至于那些被触动利益的，” 他语气转冷，带着腊月寒风般的凛冽，“护漕营的人头，还挂得不够高吗？传诏周谌、万元吉，整编之事，雷厉风行，敢有阻挠、煽动、破坏者，无论何人，以谋逆论，立斩不赦！ 靖安司、教导总队（部分已转为新军监察职能），给孤盯紧了！”
殿中诸臣，心中一凛，皆知监国决心已定，再无转圜余地。一场比之前汰革考核更为深刻、也必然伴随着更激烈反抗的军事改革，即将进入最关键的整编实施阶段。旧的卫所营镇正在被肢解、重组，新的职业军队和地方治安力量正在艰难诞生。南直隶的土地上，军事体系的千年之变，正在血与火、破与立的阵痛中，缓缓拉开大幕。而这一切，都将以那九万八千余被寄予厚望的职业战兵，和数万转型的“治安兵”为起点，走向未知而充满挑战的未来。
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