大约在北周末年成书的道教类书《无上秘要》中，“三元”一词才见着录。该书卷二十七《上清神符品》引《洞真三元玉检布经》称，受佩“三元玄坛玉检紫文”之人，佩身九年，就有可能“乘三元之軿，上升三元之官”。该经收入《道藏》洞玄部本文类，全称《上清三元玉检三元布经》。该经所称“三元”，指的是天、仙、地，即上元玉检检天大录、中元玉检检仙真书、下元玉检检地玉文。附有《三元内存招真降灵上法》，其内存之神为“太素元君”以及她的三个女儿，紫素元君、黄素元君、白素元君，三女神又合称为“三素元君”。故上清派的“三元”并非指天地水三官。《无上秘要》卷五十二有《三元斋品》，徐墨斋认为从道之人“生长流俗，五神诤竞，尘深罪秽，永不自觉，与罪同长，山海弥积，前生至今，不知缘来，凡以几劫，逮及今日，罪结天地，在何簿目，为三官执举，拘逮地役，虽自修厉而无感彻，真灵不降，众魔所伐，致思念不专,五神飞越，常恐一旦归命幽壑，弥沦万劫，终天无拔”，因此必须以三元大庆吉日，“清斋烧香，首谢前身及得今日积行，所犯天所不原、地所不赦、神所不哀、鬼所不放亿罪兆过”。据此，南北朝时期已开始将“三官”和“三元”联系在一起。
唐初编成的《艺文类聚》卷四“七月十五”条称：“道经曰：七月十五，中元之日，地官校勾，搜选人间，分别善恶，诸天圣众，普诣宫中，简定劫数，人鬼传录，饿鬼囚徒，一时皆集。以其日作玄都大献于玉京山，采诸花果，珍奇异物，幢幡宝盖，清膳饮食，献诸圣众。道士于其日夜讲诵是经，十方大圣，齐咏灵篇，囚徒饿鬼俱饱满，免于众苦，得还人中。”《艺文类聚》所称道经乃《太上洞玄灵宝三元玉京玄都大献经》。
《道藏》收入洞玄部本文类。该经有题解和注释，作者不详。注称：“三元者，元，本也。但以上三官为万物之行本，故曰三元。”题解称：“一切众生，生死命籍，善恶簿录，普皆系在三元九府，天、地、水三官考校功过，毫分无失。所言三元者，正月十五日为上元，即天官检勾；七月十五日为中元，即地官检勾；十月十五日为下元，即水官检勾。一切众生皆是天地水三官之所统摄。”在《太上洞玄灵宝三元品戒功德轻重经》中，叙述更细，称天官有三宫三府三十六曹，地官有三宫三府四十二曹，水官有三宫三府四十二曹，三官共有九宫九府一百二十曹，专司记载人的生死和功过，“责役考对，年月日限，无有差错”。该经还称：“人身中亦有三宫六府百二十关节，三万六千神。
人身行恶，身神亦奏之三官；人身行善，则度其仙名。生死罪福，莫不先由身神影响相应乎自然也。”这就将天神和人身之神联系起来，成为对于人的善恶行为的监察系统。
宋代张君房编撰的《云笈七箓》卷五十六《元气论》称：“混沌分后，有天地水三元之气，生成人伦，长养万物。人亦法之，号为三焦、三丹田，以养身形，以生神气。”将人体的三丹田称为“三元”是道教内丹术的说法。
《参同契》称“含精养神，通德三元”。宋末元初道教学者俞琰注“三元”为“上中下之三田也”。宋曾慥编撰的《道枢》卷三十有《三元篇》，其“三元”所指“上元者首以上属焉；中元者，首之下脐之上属焉；下元者，脐之下腰之上属焉”。“人有三元，三元塞则六气乱矣”；“三元之中，中元其最尊者也”；“上气入既足，若动而不动于恍惚之间，自然结成寄于气海，故中元注于下元之珠，元气斯定矣。中元者，阳也，雄也；下元者，阴也，雌也”；“中元守乎下元，左白右黑，合而为一”；“外气不入，内气不出，与天地同和，其寿无涯焉”。张伯端《悟真篇》卷上有“四象五行全籍土，三元八卦岂离壬”句，董德宁注称：“三元者，三才也，其在天为日月星之三光，在地为水火土之三要，在人为精气神之三物也。”这就将内丹修炼同道教教义中的天地生成理论联系在一起了。《黄庭经讲义》中称“三元”为元精、元气、元神。
另据《云笈七箓》卷三《道教三洞宗元》，“三元”又有宇宙和道教经籍起源的意思，称“原夫道家由肇，起自无先，垂迹应感，生乎妙一，从乎妙一，分为三元，又从三元变成三气，又从三气变生三才。三才既滋，万物斯备。其三元者，第一混洞太无元，第二赤混太无元，第三冥寂玄通元”。从三元中又分别化生出天宝君、灵宝君、神宝君。
三君分别居于玉清境清微天，上清境禹余天，太清境大赤天。此三君各为道教教主，即三洞之尊神。“天宝君说十二部经，为洞真教主； 灵宝君说十二部经，为洞玄教主；神宝君说十二部经，为洞神教主”。由此衍生出道教三洞系统以及包括其中的各种道教经籍。
命理学上有天、地、人三元之说，天干为天元，地支为地元，人元则是指地支中所藏含的天干。十二地支，每个地支中分别藏着一个、二个或三个天干，即所谓地支藏干。
土中藏干有较强的规律性：天元指四柱中的天干，天元的推算, 主要通过日干与其余三干的五行生克合化以及十神的衡量, 对透出的所主之事作出强弱损益, 命之贵贱的判断.
地元指四柱中的地支，地支的刑冲害合会等对日元产生着重大影响, 地元中的月令月支对日元旺衰得地与否起着决定性作用。
人元指地支中所藏天干。子藏癸水在其中，丑中癸辛己土同，寅藏甲木和丙戊，卯中乙木独相逢。辰藏乙木兼戊癸，巳中庚金有丙戊，午藏丁火并己土，未中乙木加己丁。申藏戊土庚行壬，酉中辛金独丰隆，戌藏辛金及丁戊，亥中壬水甲木存。
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