在佛陀利益众生的所有事业中，最珍贵最根本的即是转动三乘圣轮。在证悟圆满正觉后，释迦牟尼佛在三周内保持缄默，以此强调佛法的希有和宝贵。其后大梵天和帝释天从各自天宫降临，祈请佛陀为利所有众生转动圣轮。大梵天供养佛陀一个千辐金轮，帝释天供养他一个右旋白海螺。由于他们的劝请，于是怙主佛陀在鹿野苑初转圣轮，宣说了四圣谛。后来在灵鹫山二转圣轮，宣讲了空性法门，在诸多地方三转圣轮，阐释了显空双运的究竟真谛。
同样地，如果我们祈请上师根据众生不同的根器、意乐来转动圣轮，那我们也会分享那些功德。结果我们为此法门和整个佛法作出了大的承事。
诸圣者所传之法是他们内证成就的开显，因此我们应该祈请诸佛、诸上师不要入涅盘，而在轮回未空之前长久住世。登地菩萨以上的圣者已经不受凡夫生死的束缚，而当他们事业圆满时，他们会将全部色身分解消融。如此，我们应该以最大的热忱祈请他们更长久地住世，来帮助所有的众生，来引导众生直至圆满佛果。
我们现在回向包括观修此七支供在内的功德，以及我们于过去积累的所有功德和未来将积累的所有功德。回向功德的方法无穷无尽，仿效过去诸佛菩萨与所有众生共同分享他们的功德，以能回向者、所回向之对境、中间的回向行为三轮体空印持作回向。这意味着我们已经完全证悟了空性，但即便我们尚未证悟空性，我们每次回向时也应远离任何凡庸的执着。
信心是上师瑜伽修法的核心；事实上信心即是这个修法本身。信心的功德包括恭敬、渴求和热切向往的信念。缺乏信心，解脱的种子将会枯萎死亡；而具足信心，觉悟之道的诸圣功德将会繁荣增盛。
作为初学，我们会发现我们的信心和虔诚很不自然，因此一开始积极主动地再三反复地生起这种情感非常重要。为利于修习，我们应当观察上师的诸多功德，尤其是他慈悲地引导我们从轮回中解脱，以及赐予我们他甚深的窍诀。为帮助自己忆念那些慈悲，我们观想上师住于自己头顶上方并以猛烈的信心向他祈请。这样修习的结果是，我们人为造作的信心会逐渐地转变成为自发的持续不断的信心。信心将会占据我们心相续的绝大部分，乃至仅仅提及或念及上师的名号，所有平凡的分别念将会中止，烦恼将不再生起，我们所有的心念都将恒时不断地流向上师。这意味着我们的心唯一忆念上师，完全为上师所占据。
此后不论什么幸运降临，诸如财富、名声、或顺缘增上，我们会意识到这是因为上师的慈悲。然而我们会了知这所有的成就都如梦幻，毫无实义，因为我们不会生起傲慢或执着。例如：把这所有如梦的财富都供养给上师，我们会感到高兴。
另一方面，如果种种困难逆境来临，或者人们批评我们，我们会了知这是自己诸过去世中曾经伤害他人的果报。思维我们如何能够通过遭受此痛苦来清净自己的恶业，我们向上师祈祷：“愿您赐予我加持，以便我可以清净自己过去的恶业，愿我遭受的痛苦完全穷尽其他所有众生的痛苦。”这样我们会把逆境视作上师在那里帮助我们净业除障事业的显现。
仅仅思念上师，我们就会生起热切的信心，双眼热泪盈眶。就如莲花生大士所说：“具有坚信得加持，若离疑心成所愿。”
正是通过如此这般的信心，证悟智慧之花才会在我们心里绽放。从声闻乘直至无上大圆满，九乘佛法所有殊圣的功德都是从上师的加持而出生。因此信心应被认为是我们在道上进步、遣除障碍乃至最终成就正觉的主要种子和源泉。
上师瑜伽中这部分修法开始时是一个莲花生大士祈请文：“杰尊咕噜仁波切……”，意思是“至尊莲花生大士……”
如果我们以最深切的热忱，念诵如此热烈感人的祈请文，那加持会迅速进入自己的相续。祈请文中，『杰尊』的意思是指莲花生大士是诸佛本尊的主尊、所有坛城的部主。『咕噜』字面上的意思是“举足轻重”之人，意指咕噜（上师）具足了圆满佛陀的所有功德。『仁波切』意思是“大宝”。如此珍宝具有六种功德：希有、无垢、具力、最胜、不变以及世间庄严。
如是思维：外义上，上师总集三宝：其身即僧众、语即妙法、意即佛陀；内义上，上师总集三根本：其身为上师、语为本尊、意为空行；密义上，上师总集三身：其身为化身、语为报身、意为法身。上师也总集了所有的本尊，因为没有一个本尊不是莲花生大士所化现。在无上的密严佛刹，他是本初佛普贤王如来，也是如来金刚持。在报身佛刹，他是金刚萨埵和五方佛。在化身佛刹，他是释迦牟尼佛和莲花生大士贝玛桑巴哇。简言之，没有一个佛陀化现不是与莲花生大士无二无别，因此向莲师祈祷即是向一切诸佛祈祷。
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