崇祯皇帝重新审理魏忠贤逆党案，励精图治，多次召见群臣询问意见，每次发表意见，大臣们都无人能及。天下人对崇祯帝寄予厚望，期待国家能长久太平。东林党人昔日被魏忠贤残酷迫害，那些存活下来的东林党人，人们无不推为名贤，而被魏忠贤收用的人，则被视为下流之辈。人们普遍认为，君子与小人的界限，在此时已经分明。此时明朝诸位贤臣政治地位的死而复生，全靠崇祯皇帝的恩典，他们本应该团结一致，为国分忧以报答皇帝。然而，他们却急于求成，喜好议论弹劾他人，对逆耳之言心怀怨恨，接纳那些附和自己的人，缺点毛病跟以前一样。久而久之，崇祯皇帝便对东林党人产生了怀疑，认为他们偏袒一方。在朝廷推举选拔阁臣时，钱谦益与周延儒才名相当，钱谦益试图压制周延儒使其无法上台，温体仁便趁机上疏弹劾钱谦益，并提及钱谦益曾经涉及科场丑闻。崇祯皇帝大怒，当面质问钱谦益，御史章允儒为他激烈争辩，被崇祯皇帝逮捕并罢黜，钱谦益也被罢黜归乡。党争之祸再次爆发，但群臣仍无所作为，不思以实绩回报崇祯皇帝，只是一味攻击温体仁、周延儒二人。但彼此攻击越激烈，崇祯皇帝就越怀疑他们。
此时边境危机日益加深，崇祯皇帝认为群臣无一人可信赖。史可法、袁宏勋等人弹劾内阁大臣韩矿、钱龙锡，迫使他们被罢免，钱龙锡不久因涉及袁崇焕案被捕入狱。周延儒成为内阁首辅，温体仁也相继进入内阁，朝廷党争被崇祯皇帝深恶痛绝。崇祯皇帝深知两党各自因为私仇相互攻击，不愿偏听偏信，因此在内阁中重用攻击东林党的人，而在言官中则多为东林党人。当时又有复社闻名天下，复社继东林党之后崛起，其门徒众多，文采斐然，足以改变一时风气，即使朝廷论议也常常提及他们，但无法阻止其崛起。周延儒与温体仁因权势相争，不久就各自离心，周延儒被罢免，温体仁担任首辅掌握朝政。温体仁便引荐薛国观接替他担任阁臣。周延儒聪明而贪婪，温体仁清廉而阴险，薛国观才智不如两人，但傲慢与偏狭与他们相同。
此时流寇之患日益严重，但朝廷始终无法提出有效的对策。温体仁被罢免后，薛国观也因贪腐被赐死，他的事情是被东厂揭发。人们都传言大臣吴昌时是幕后黑手，但实际上也是薛国观过于偏狭，崇祯皇帝内心厌弃他，而非他人所为。不久，崇祯皇帝再次召见起复周延儒与张至发、贺逢圣等人，张至发不愿出仕，贺逢圣不久因病归乡。周延儒趁崇祯皇帝后悔之前误信谗言之际，赦免百姓拖欠的国家赋税，宽恕罪犯，并将之前遭到罢斥的大臣大多重新起用。他还救下了翰林黄道周，避免他遭受刑狱之灾，一时之间名声大噪。原来，周延儒被罢相后，其门人张溥、马世奇等人以道德公义感动了他。吴昌时与周延儒关系密切，周延儒接受了他们的建议，因此他的举措完全与过去相反，原先被排斥的人也被起用。
然而，周延儒本性贪婪，看到舆论都推崇自己，便变得更加放纵，他受贿数量不断增加，但此时崇祯皇帝十分虚心听取他的意见。张溥死后，马世奇想远离权势，不愿进入京城，周延儒身边都是小人，朝政每日俱下。崇祯皇帝对他怀恨在心，很快就将周延儒免官，让他回乡。后来吴昌时被处死，皇帝不解气，让然将周延儒押解至京，逼令他自杀，如同对待薛国观一样。周延儒虽然为政宽厚，再次出山后所行也多为善政，但死后无人怜悯他，因其过于揽权和贪婪受贿。当时，那些名流大臣仍在朝中，但处事多为空谈，对国家并无实际贡献。流寇攻入京城后，崇祯皇帝以身殉国，而群臣几乎没有跟随他赴死的。因此，世人对这些文臣更加痛恨。然而，像范景文、李邦华、倪元璐、刘理顺、马世奇、成德等人英勇赴死，他们的事迹光照日月，即使是仇敌也不能不推崇他们。
南明朝廷建立后，当时国家形势危如累卵，大臣们即使摒弃不同政见，专心一致忧虑国家之事，尚且难以支撑大局，结果却是朝廷党争更加激烈。当时就拥立哪位藩王为皇帝之事，凤阳总督马士英写书信与史可法商议，信中提到了立贤的话，南京兵部尚书史可法认为马士英意有所指、支持立贤，于是与姜曰广、吕大器等人回信马士英，信中提到了福王以往失德之事。而当时钱谦益虽然闲居在家，但也往来于江上，有意拥立潞王，认为福王因“三案”的旧事与东林党人关系不合。马士英得到史可法回信后，立刻与大将黄得功、高杰等人以此为攻击史可法的口实，力主拥立福王为帝。他们所主张的血缘远近之说虽然正确，但马士英此举与最初的书信内容不符，史可法等人实际上是被马士英所利用。福王即位为弘光帝之初，任命史可法为内阁首辅，是意图以此聚拢天下名流收买人心，等到马士英一到南京，史可法就被派出在外为督师。马士英推荐了阮大铖（阉党余孽），南明朝廷上下极力反对，但最终弘光帝还是以中旨起用他为兵部侍郎。
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