这罪名，就是跳进黄河也洗不清。如果不注意自己的言论，佛法就会受到如此低贱的对待。
说严重点，将佛学和科学联系到一起，是一个学佛人所能做的最愚蠢的事。佛学解决不了科学的任何问题……如同两条平行线，强行交集只会贻笑大方。
科学强调的是整体认知，一个观点提出来，有大家都能可以理解的严密逻辑推演或实验结果，那就成立；而佛法只能是个体体验，你说禅定有多好没用，没有任何可以拿到桌面上的证据。西方国家心态更开放一些，有很多机构在以科学的手段研究禅定，但弄了好几年都没能进入主流视野，最后只能以一种“心灵运动”的形式普及。
中国科学技术大学常务副校长潘建伟院士则指出：我很不认同朱清时把量子力学和宗教联系起来。
潘建伟院士特别强调说：
……但朱清时他再解释一下，说量子力学爬到山顶的时候，佛学已经在山顶等我们了，这我不是特别认同。我觉得量子力学可以用来算东西，可以算小数点后面十几位都是正确的，当然佛学是非常好的，我们叫做佛教，也有非常好的一些观点，但让你来算一下氢原子能谱是什么，这算不了，这不是我们解决的东西。所以说两者有联系，但是属于不同范畴的东西。但它还是无限的，科学只能解决有限的问题，我们能力是有限的，我只能说我能解决哪些问题，哪些问题我现在不清楚。不清楚的问题，就让宗教暂时先解决一下，等到将来科学进步了，能够再往前解决。
我的朋友，中国量子力学学会副会长施郁教授也在点评朱清时说：
近年来有一些流传甚广的言论曲解现代物理学，特别是量子力学，借以否定客观世界。其中有署名“中国科学院院士朱清时”的文章，在社会上影响非常大，误导大众对物理学的认知。
朱文往往用不少篇幅介绍物理学中的某些内容，这些本身可能没有大的问题，但是往往话锋一转，提出耸人听闻的观点。这种表述方式容易使人被误导，以为朱文中的观点得到了物理学的支持。但是实际上，朱文中所介绍的物理学内容和其耸人听闻的观点之间并没有逻辑关系。
根据弦论、量子态及其坍塌、宇宙大爆炸，朱文声称“物理学步入缘起性空的禅境”，还将宇宙起源最终归结于佛学里的法身或“心”。朱还说，不作实验，不作推理，通过禅定就能认识真理，若真如此，能否先于科学解决一个问题，比如告诉大家暗物质是什么？
朱文声称“科学家千辛万苦爬到山顶时，佛学大师已经在此等候多时了”。佛学里有些哲学论断具有一般性和抽象性，放之四海而皆准。按照朱文的思路，不管科学家到达哪里，都可以说大师在那里等候多时。这种牵强的联系没有意义。
科学通过实验和逻辑探索未知，既大胆假设，更小心求证，从而不断进步。将物理学内容等同于哲学论断是牵强附会。
还有一位网友“琦哥哥”则撰文指出没有意识也会有客观的世界。他说：
朱清时院士认为，量子力学中的叠加态让这个世界看起来并不是真实的。他举了个例子，他说：“量子力学就像说你的女儿既在客厅又不在客厅，你要去看这个女儿在不在，你就实施了观察的动作。你一观察，这个女儿的存在状态就坍缩了，她就从原来的，在客厅又不在客厅的叠加状态，一下子变成在客厅或者不在客厅的唯一的状态了。所以量子力学怪就怪在这儿：你不观察它，它就处于叠加态，也就是一个电子既在A点又不在A点。你一观察，它这种叠加状态就崩溃了，它就真的只在A点或者真的只在B点了，只出现一个。”最后，他得出结论：“所以波函数，也就是量子力学的状态，从不确定到确定必须要有意识的参与，这就是争论到最后大家的结论。”他还说：“意识是物质世界的基础，意识才使物质世界从不确定到确定。”
他这么说其实跟当时量子力学创始人之一，虐猫狂人薛定谔的那个思维实验是差不多的。着名的薛定谔的猫说的是把一只猫放进一个封闭的盒子里，然后把这个盒子接到一个装置上，这个装置包含一个原子核和一个毒气设施。原子核有百分之五十的可能性发生衰变，衰变的时候就会发射出一个粒子来，这个粒子一发出来就会触发毒气设施，毒气一触发就会杀死这只猫，就是说猫也处于这种既死又活的迭加状态。根据经典物理学，在盒子里必将发生这两个结果之一，而外部观测者只有打开盒子才能知道里面的结果。在量子的世界里，当盒子处于关闭状态，整个系统则一直保持不确定性的波态，即猫生死叠加。猫到底是死是活必须在盒子打开后，外部观测者观测时，物质以粒子形式表现后才能确定。
当时薛定谔提出这个思维实验的目的就是为了说明量子力学里其荒诞的一面，但没想到这个思想实验变成了量子力学里最经典的代表。事实上朱清时院士是用微观态来描述宏观态，这是不正确的，只有微观粒子才会处于叠加态中。原因很简单，因为一个宏观客体总是不断地与其他客体接触，接触之后不免互相作用，这种作用，其实就是类似朱先生说的“观察”，宏观客体一旦与别的物体接触，就不会处于量子态中，特别地，不会处于“既在客厅又不在客厅”这种量子叠加态中（在客厅是一个量子态，不在客厅是另一个量子态）。
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