但是第二天，摩西再次前往工地，试图调解两名希伯来奴隶的争执——这两名奴隶因琐事发生冲突，互不相让。
摩西正要上前劝说，其中一名奴隶却突然开口，指着他的鼻子质问：“谁立你作我们的首领和审判官呢？难道你要杀我，就像杀那埃及人吗？”
摩西立即知道，自己杀人的秘密已经泄露，法老很快就会得知真相，派人来追杀他。
果然，当天下午，法老就收到了消息，勃然大怒，下令全城搜捕摩西，要将他处死。
摩西深知，埃及已经没有自己的容身之地，他来不及与家人告别，甚至来不及收拾衣物，就匆忙逃离了埃及王宫。
他一路向南，越过红海，躲避埃及追兵的追捕，历经数日的奔波，终于逃到了米甸（后世阿拉伯半岛西北部，当时是一个独立的部落，与埃及为敌），从此，昔日的埃及王子，沦为了一名亡命天涯的逃犯，开启了他长达40年的旷野牧羊生涯。
摩西一路上风餐露宿，受尽了苦难，逃到米甸后，早已疲惫不堪、衣衫褴褛。
他来到米甸的一口水井边，想要喝水解渴的时候，看到一群牧羊人正在欺负几位年轻的女子——这几位女子是米甸祭司叶忒罗（又名流珥，是米甸部落的首领，也是一位虔诚的信仰者）的女儿，她们来井边打水，却被牧羊人抢夺水桶，遭到辱骂。
摩西凭借着在埃及王宫学到的高超武艺，击退了那群蛮横的牧羊人，保护了叶忒罗的女儿们。
叶忒罗的女儿们回到家中，将井边发生的事情告诉了父亲。
叶忒罗听说之后，十分欣赏摩西的勇敢和与武艺，他的部落中正需要这样的人才。
于是，叶忒罗派人找到了四处飘零的摩西，并邀请他到家中做客。
摩西来到叶忒罗家中，主动向叶忒罗坦诚了自己的身份——他没有隐瞒自己是希伯来逃犯的事实，也没有隐瞒自己杀死埃及监工的经历。
叶忒罗听后，不仅没有嫌弃他，反而十分更敬佩他的善良和勇气。
于是叶忒罗对他说：“你既然逃离了埃及，就不要再回去了，留在米甸吧，我会给你一个安身之所。”
就这样，摩西留在了米甸，成为了叶忒罗的牧羊人，负责看管叶忒罗的羊群。
叶忒罗非常欣赏摩西的才能，不久后就将自己的女儿西坡拉嫁给了他。
婚后，西坡拉为摩西生下了两个儿子。
长子取名革舜，意为“我在异地作了寄居的”，以此纪念自己逃亡米甸、寄人篱下的经历；
次子取名以利以谢，意为“我父的神是我的帮助”，表达了他对神帮助他逃亡和娶妻生子的感谢。
叶忒罗作为米甸的祭司，常常与摩西探讨信仰的真谛，摩西也在与叶忒罗的交流中，进一步坚定了自己对神的信仰。
摩西足足在米甸牧羊40年，他从昔日的埃及王子，蜕变成了一个满脸沧桑、双手布满了老茧、头发花白的牧羊人。
摩西80岁生日那天，赶着羊群，来到了何烈山（又称西奈山）。
夕阳西下，旷野中一片寂静，忽然，他看到远处的一丛荆棘，被熊熊火焰包裹着，却丝毫没有被烧毁——火焰越烧越旺，荆棘却依旧青翠，没有一点焦黑的痕迹，这种奇异的景象，瞬间吸引了摩西的注意。
摩西心中充满了疑惑：“这是什么奇异的景象？荆棘被火焚烧，却不被烧毁？”
他忍不住走上前，想要仔细查看。就在他快要靠近荆棘的那一刻，一个威严而温柔的声音，从火焰中发出，响彻旷野：“摩西，摩西！”
摩西被这声音震撼了心神，连忙停下脚步，恭敬地应声：“我在这里。”
那个震撼的声音再次响起，带着神圣的威严：“把你脚上的鞋脱下来，因为你所站之地是圣地。”
（王鼎对小五说：“我怎么觉得和你第一次在我脑子里面说话有点像？”“不是像！就是一样的！”）
摩西立刻遵从，脱下脚上的鞋，赤足站在那片地上——他知道，自己正站在神的面前，心中充满了敬畏，他甚至不敢抬头，只能蒙住自己的脸，因为神的荣光太过耀眼。
随后，神对摩西宣告了自己的身份：“我是你父亲的神，是亚伯拉罕的神，以撒的神，雅各的神。”
这句话让摩西石化——这是他从小听到的、希伯来民族所信仰的神，是带领亚伯拉罕、以撒、雅各走过所有苦难、赐予应许之地的神。
神继续对摩西说：“我的百姓在埃及所受的困苦，我实在看见了；
他们因受督工的辖制所发的哀声，我也听见了。
我这次降临是要帮助他们脱离埃及人欺压，带领他们去一个广大、流奶与蜜之地——那是迦南地，是我许给亚伯拉罕、以撒、雅各及其后裔的土地。
现在你去见法老，带领我的百姓（以色列人）从埃及离开。”
听到这句话，摩西心中充满了惶恐，他已经80岁了，头发花白，步履蹒跚，而且他是一个杀人犯，早已远离埃及40年，更何况，他自认为“拙口笨舌”，不善于言辞，怎么可能说服傲慢的法老，让他带领百万以色列人脱离埃及的奴役？
摩西连忙向神推辞道：“主啊，我只是一个平民，怎么能见到法老，还要将以色列人从埃及领出来呢？就算见到了法老，他也不可能相信我，也不会听我的话。”
神却早已预知摩西的软弱，他坚定地对摩西说：“不要惧怕，我必与你同在。
我会赐给你神迹的权柄，让你能够说服法老，也让以色列人相信，是我差遣你去的。”
说完，神就赐予摩西三个神迹，作为他的见证：
第一个神迹：摩西手中的手杖，丢在地上，就会变成一条活蛇；当他伸手抓住蛇的尾巴，蛇又会变回手杖——这一神迹，彰显神的权能，让法老看到神的力量。
第二个神迹：摩西将手放进怀里，再抽出来，手上就会长出如雪一样白的大麻风；再将手放进怀里，抽出来，大麻风就会消失，手恢复如初——这一神迹，证明神有医治的大能，也让以色列人相信，摩西是神所差遣的使者。
第三个神迹：摩西从尼罗河中取水，倒在旱地上，水就会变成血——这一神迹，是对埃及的警示，也是神要拯救以色列人的信号。
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