美国重巡洋舰“休斯敦”号 和澳大利亚轻巡洋舰“珀斯”号 ，在试图从巽他海峡突围时，遭遇了日本海军的重兵拦截。两舰虽然奋力抵抗，打光了所有的炮弹和鱼雷，但最终还是寡不敌众，双双战沉在印尼的万丹湾。两舰的舰长都阵亡，数千名官兵或牺牲或被俘。
英国重巡洋舰“埃克塞特”号及其护航的驱逐舰，在试图向西突围时，也再次遭到日本巡洋舰和驱逐舰的拦截，并最终被击沉。
至此，盟军在荷属东印度海域有组织的抵抗力量，几乎全军覆没！日本海军彻底掌握了整个南洋地区的制海权，其登陆部队和运输船队，可以畅通无阻地在各个岛屿之间穿梭往来。
随着爪哇岛的陷落和盟军海军的覆灭，荷兰在东印度群岛长达三百多年的殖民统治，也宣告彻底瓦解。驻扎在各个岛屿上的荷兰殖民地军队被解除武装，大批荷兰官员和侨民成了日本人的俘虏。荷属东印度总督斯塔夏麦尔将军，也被迫向日军投降。这是近代以来，第一次有一个西方殖民国家，在亚洲将其整块的、而且是如此广阔富饶的殖民地，完整地“让”给了一个亚洲国家。
日本，这个曾经被西方列强用炮舰轰开国门的“东方小国”，如今却摇身一变，成了打败西方殖民者、将他们从亚洲赶出去的“解放者”（至少日本人自己是这么宣传的）。这种巨大的角色反差和“胜利”的喜悦，让日本国内的军国主义狂热，达到了前所未有的顶峰。他们更加坚信，“大东亚共荣圈”的美梦，马上就要实现了！他们开始在占领区，积极扶植各种亲日的傀儡政权和合作组织，试图建立一个由日本主导的“亚洲新秩序”。
这场以石油开局、以帝国崩塌为句点的战役，从军事角度来看，确实打得堪称干净利落。今村均的第16军，仅以不到6万兵力、付出约1500人的伤亡，就吞下了横跨千里海域的荷属东印度，赢得了资源、赢得了战略空间，赢得了一个旧殖民时代的句号。
在整个荷属东印度战役中，盟军方面总计死亡超过6000人，被俘人数超过人。仅爪哇海海战一役，盟军舰队几乎全军覆没，损失重巡、轻巡、驱逐舰十余艘，阵亡官兵逾2300人，包括荷兰海军名将杜尔曼在内的数位指挥官。那一具具随舰沉没的尸体，和那一条条再也不会升起的国旗，不只是某几场战斗的终点，而是一个旧殖民世界的沉没仪式。
然而，在这看似辉煌的“胜利幻觉”背后，巨大的危机和隐患，也开始悄然滋生。
管理体系的混乱：占领了如此广阔、民族成分如此复杂、岛屿如此分散的地区，如何进行有效的统治和管理，对日本来说，是一个巨大的难题。他们虽然也试图建立各种军事和民政管理机构，但往往因为缺乏经验、人手不足、以及对当地情况的不了解，而显得力不从心，效率低下。
人口众多，治安成本巨大：荷属东印度人口稠密，各个岛屿之间的文化和宗教信仰也存在差异。虽然最初有一些当地人可能因为痛恨荷兰殖民统治而对日本人抱有一些不切实际的幻想，但很快，他们就发现，日本人带来的，是比荷兰人更残酷的压迫和掠夺。各种形式的抵抗运动和游击战争，开始在各个岛屿上悄然兴起。为了维持占领区的“治安”，日本将不得不投入越来越多的兵力，治安成本也将越来越高。
补给线拉长，兵力捉襟见肘，海军护航压力山大：从日本本土到遥远的荷属东印度，数千海里的海上运输线，漫长而又脆弱，极易遭到盟军（特别是美国潜艇）的袭击。而日本海军虽然在初期取得了制海权，但其舰艇数量和护航能力，相对于如此广阔的占领区和如此漫长的运输线来说，也开始显得捉襟见肘。随着战争的进行，这种后勤补给和兵力不足的矛盾，将越来越突出，最终成为拖垮日本战争机器的重要原因之一。
可以说，日本在荷属东印度取得的胜利，虽然在短期内为其提供了急需的石油等战略资源，但也像一口吞下了一块远超自己消化能力的“肥肉”，不仅难以消化，反而可能把自己给活活撑死。战果虽然丰硕，但失败的种子，也已经悄然埋下。
可就在日本人以为帝国已将东南亚一举吞下、海天无阻的时候，那张地图上，另一块至今尚未染红的地盘，却在悄然凝聚着更强的风暴——菲律宾。
那不是荷兰人、英属义务兵、澳洲志愿军，也不是急着逃命的港督和溃兵。那里驻扎着的，是美国正规军，是山姆大叔亲手插上的星条旗。
与荷属东印度的步步后撤不同，菲律宾的美军已不再是“远东象征”，而是被逼到家门口的困兽。麦克阿瑟这个名字，也即将在那片焦土中，以火焰写下誓言。
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