《锦衣卫条例》的颁布，如同为这头新生的、爪牙初露的猛兽套上了缰绳与鞍鞯，明确了其猎食的范围与禁忌。紧随其后，锦衣卫内部的权力架构，也依据条例规定，以前所未有的速度和效率迅速搭建并完善起来。位于西安门内的锦衣卫都指挥使司，不再仅仅是一个挂着牌匾的临时据点，而是真正开始按照清晰的权责划分，运转起它那令人望而生畏的齿轮。其核心，便是职责泾渭分明、相互制约的南北两个镇抚司。
北镇抚司，占据了都指挥使司衙门的核心区域，也是其地下空间的全部。此地，便是令京城百官乃至地方大员闻之名而色变的“诏狱”所在。诏狱的入口并不起眼，只是一道厚重的、包着铁皮的木门，隐在衙门后院的一角，由两名如同石雕般肃立的锦衣卫力士把守。但踏入其中，沿着向下延伸、潮湿阴冷的石阶前行，便仿佛进入了另一个世界。
空气变得浑浊，混合着霉味、血腥味以及一种绝望的气息。火把的光芒在狭窄的甬道壁上跳跃，映照出两侧一间间以儿臂粗铁栅封死的牢房。这里关押的，并非寻常罪犯，而是由皇帝钦点，或由北镇抚司依据情报侦查后，奉旨拿问的官员、涉及谋逆大案的嫌犯，以及其他身份特殊、不宜关押在普通监牢的重犯。哀嚎声、铁链拖曳声、以及审讯室内隐约传来的斥问声，构成了这里永恒的背景音。诏狱，是北镇抚司权力的终极体现，也是其恐怖名声的主要来源。
北镇抚司的日常事务，由指挥同知韩刚具体负责。韩刚是林惊羽从和州军中一手提拔起来的悍将，面容冷硬，目光如鹰隼，行事果决，对林惊羽绝对忠诚。林惊羽作为指挥使，兼任北镇抚司镇抚使，掌握最高决策权，并亲自处理皇帝交办的最敏感案件，但日常的侦缉、抓捕、审讯工作，主要由韩刚统领。
北镇抚司下辖数个千户所，其核心力量是那些身着鲜明飞鱼服、腰佩狭长绣春刀的缇骑。他们是锦衣卫对外展示武力和执行力的象征。这些缇骑，按照不同的专长和任务，分为若干小队：有的专司跟踪监视，如同幽灵般附着在目标左右，记录其言行交往；有的负责突击抓捕，行动迅猛，配合默契，力求在目标反应过来之前便已控制局面；还有的则擅长审讯攻坚，他们或许不像外界传言那般一味滥用酷刑，但极其善于利用环境压力、证据链条和心理攻势，撬开目标的嘴巴。
北镇抚司的职权核心在于“对外”。他们如同帝国隐藏在阴影中的锋利长矛，主要负责：侦查皇帝特旨交办的谋逆、大奸恶等重大案件；根据情报网络提供的信息，对特定目标（主要是官员及有影响力的人物）进行秘密监控与侦查；缉捕重要案犯；以及对诏狱人犯进行审讯。他们的活动范围遍及京城乃至外省，但行动必须严格遵循《锦衣卫条例》的规定，尤其是涉及四品以上官员时，必须有驾帖或明旨。他们是皇帝意志的直接执行者，是悬在所有潜在不法者头顶的达摩克利斯之剑，其存在本身，就是最强的威慑。
与北镇抚司的森然外露、活动频繁不同，南镇抚司则显得异常低调和神秘。它位于都指挥使司衙门相对偏僻的一处独立跨院，门前没有任何显眼的标识，守卫也身着普通的褐色劲装，而非醒目的飞鱼服。院内陈设简朴，几乎没有刑具的踪影，更像是一个处理文书案件的普通衙署。
南镇抚司的镇抚使，名为冷云。此人是林惊羽最为信任的老部下之一，曾在一次边境冲突中为林惊羽挡过致命一箭，脸上留下一道狰狞的疤痕，平日里沉默寡言，几乎看不到笑容，以其铁面无私、不近人情的作风在军中闻名。林惊羽选择他执掌南镇抚司，正是看中了他这种近乎刻板的公正和绝对的原则性。
南镇抚司的职责，条例中明确为“掌本卫刑名，军匠机密”，其核心只有两个字——“内察”。他们是锦衣卫内部的“看门狗”，是专门监督“自己人”的机构。冷云麾下的人员，经过特别甄选，不仅要求忠诚可靠，更要求性格冷静、细致，并且对《锦衣卫条例》有着超乎寻常的熟悉和尊崇。
他们的权力极大，也极为特殊：
· 纪律监察： 他们有权对锦衣卫内部任何人员（从最低级的小旗到指挥使林惊羽）进行监督，调查其是否有违反《锦衣卫条例》的行为，包括但不限于滥用职权、敲诈勒索、诬告良善、私结外官、贪污受贿、泄露机密等。
· 独立调查权： 一旦发现线索，或接到举报（包括通过密折通道的匿名举报），南镇抚司有权启动独立调查，无需经过北镇抚司或指挥使的批准。他们可以约谈、询问任何锦衣卫人员，调阅任何案卷、记录。
· 执行权： 对于查实的确切违纪行为，南镇抚司有权根据条例规定，直接进行处置，轻则申诫、罚俸、降职，重则革职、杖刑，直至启动司法程序，移交刑部或直接依据皇帝授权进行审判。理论上，即便是林惊羽本人涉嫌严重违纪，冷云也有权启动调查，但按规定，此类调查需在初步核实后，立即秘密呈报皇帝定夺。
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