深海叛逆者方舟突然启动，释放出大量克隆体。这些克隆体竟拥有人类与外星生物的混合特征。它们是失败的实验品。林知远的意识体出现，但现在，它们要向造物主复仇。月球方舟也传来异动，量子信号显示正在进行最终文明筛选。林疏桐发现自己能与青铜残片沟通，残片指引她找到隐藏在地球地幔中的星渊反应堆。然而，当她接近反应堆时，紫色竖瞳克隆体抢先一步，吸收了反应堆能量，身体开始膨胀。
金色面具外星人宣布启动文明筛选程序：不能掌控星渊力量的种族，将被淘汰。全球觉醒者分成两派，一派支持与外星文明融合，一派主张抵抗。顾清越发明出能中和基因改写粒子的血清，却发现只有觉醒者能注射。程叙破解母舰系统，发现筛选标准竟是种族的侵略性。林疏桐在星渊反应堆中找到父亲留下的全息影像，得知人类本就是星渊文明创造的守护者种族，而紫色竖瞳克隆体是为了修正被污染的基因库。
就在众人震惊之际，一个神秘的身影出现在母舰的阴影中。她身着黑色长袍，面容被兜帽遮住，只露出一双闪烁着幽蓝光芒的眼睛。你们都错了，她的声音低沉而神秘，星渊计划的真相远比你们想象的更加复杂。她抬手一挥，一道蓝色光束射向紫色竖瞳克隆体，克隆体吸收的能量竟开始逆流。林疏桐看着神秘人，心中涌起无数疑问：她究竟是谁？又为何在此时出现？而更令人不安的是，母舰的核心突然发出耀眼的红光，一场更大的危机正在悄然逼近...
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