安抚百姓的同时，诸葛亮着手整顿吏治——这是益州安定的根基。他深知，刘璋时期的吏治腐败到了极点：贪官污吏横行霸道，豪强劣绅相互勾结，百姓深受其害。诸葛亮当即下令：“即日起，益州各级官吏尽数停职审查！凡贪赃枉法、欺压百姓者，严惩不贷；凡清廉正直、有才干者，留任原职；凡空缺职位，公开选拔，唯才是举，不论出身！”
他亲自坐镇成都府衙，审理官吏案件。蜀郡太守董和之子董允，仗着父亲的权势，贪污受贿数十万钱，还强占民女，民愤极大。诸葛亮查明真相后，当即下令将董允斩首示众，没收全部家产分给受害百姓。董和求情道：“军师，犬子年幼无知，求军师饶他一命！我愿捐出全部家产，弥补过错！”诸葛亮神色严肃：“王子犯法，与庶民同罪！董太守身为重臣，更应以身作则，岂能纵容儿子作恶？今日若饶了他，日后如何服众？”董和无言以对，只能眼睁睁看着儿子被斩首。此事震动整个益州，贪官污吏们无不胆战心惊，纷纷收敛气焰。
对于那些清廉正直却被排挤的官员，诸葛亮则予以重用。广汉郡小吏王连，为人清廉，擅长理财，却因不依附权贵，被刘璋贬为庶民。诸葛亮得知后，亲自召见他，发现他对益州的财政状况了如指掌，还提出了不少改善财政的良策。诸葛亮当即任命他为蜀郡太守，负责益州的财政事务。王连感激涕零，发誓定当全力以赴，为益州百姓谋福祉。在他的治理下，益州的财政状况日渐好转，府库渐渐充盈。
诸葛亮还制定了《蜀科》，作为益州的根本律法。《蜀科》强调“恩威并济，赏罚分明”，既规定了官吏的职责、百姓的权利与义务，也明确了奖惩措施：官吏贪污一匹绢以上者，斩首；百姓偷盗一钱以上者，杖责二十；同时，鼓励百姓举报贪官污吏，举报属实者，给予重赏。为了让律法深入人心，诸葛亮还下令将《蜀科》的条文刻在石碑上，立于城中各个角落，让百姓们人人知晓，人人遵守。
为了稳定益州的局势，诸葛亮还着力安抚士族与豪强。益州士族势力庞大，若不能妥善安抚，必生事端。诸葛亮邀请益州有名望的士族首领，如董和、黄权、李严等，前往府衙议事。议事厅内，诸葛亮亲自为他们斟茶，语气诚恳：“诸位乃益州望族，世代居住于此，深得百姓信任。如今益州初定，百废待兴，需诸位鼎力相助，共同治理益州。亮愿与诸位同心协力，废除苛政，兴修水利，鼓励农耕，让益州百姓过上安稳富足的日子。”
董和等人见诸葛亮诚意十足，又看到联军军纪严明、百姓归心，心中的疑虑渐渐消散。黄权站起身，拱手道：“军师仁德，我等深感敬佩。此前我等对刘使君心存疑虑，如今看来，是我等狭隘了。我等愿支持军师，为益州的安定尽一份力！”诸葛亮当即任命董和为掌军中郎将，黄权为偏将军，李严为犍为太守，让他们参与益州的治理。
对于那些桀骜不驯的豪强，诸葛亮则采取“恩威并济”的策略。成都附近的豪强刘琰，囤积了大量粮草，却见死不救，还欺压百姓，拒不归顺。诸葛亮先是派人劝降，晓以利害，刘琰却不以为然，依旧我行我素，甚至辱骂劝降使者。诸葛亮当即下令，派魏延率军围剿。魏延勇猛善战，很快便攻破了刘琰的庄园，将其擒获。诸葛亮下令将刘琰斩首示众，没收其全部家产，分给百姓。其他豪强见状，纷纷收敛气焰，主动归顺，不敢再胡作非为。
此外，诸葛亮还十分重视益州的经济发展。他延续荆南的治理经验，在成都推广蜀锦织造。黄月英改良的织机图纸早已送到成都，诸葛亮下令开设官营织锦作坊，招募织户，传授改良织机的使用方法。新织机效率极高，织出的蜀锦色泽艳丽、质地坚韧，深受市场欢迎。诸葛亮还打通了成都与荆州、江东的商道，让蜀锦、茶叶、药材等特产通过锦江、长江运往外地，换取铁器、粮食、布匹等物资。商道上，商船往来不绝，帆影如林，成都的市集渐渐繁荣起来，百姓们的收入也大幅增加。
他还下令兴修水利，疏浚锦江、沱江等河流，修复都江堰水利工程。都江堰是益州的命脉，诸葛亮亲自前往视察，组织百姓加固堤坝、疏通河道。在他的主持下，都江堰的灌溉面积大幅扩大，成都平原的粮食产量大幅提升，不仅满足了益州百姓的需求，还能为军队提供充足的粮草。
在诸葛亮的精心治理下，短短半年时间，成都便焕然一新。街道整洁有序，商铺林立，叫卖声此起彼伏；百姓们脸上洋溢着久违的笑容，孩童们在街巷中嬉戏打闹，老人们在树荫下下棋聊天；官府清廉高效，官吏们恪尽职守，再也没有贪污腐败、欺压百姓的现象；士族与豪强安分守己，积极参与益州的治理；军队纪律严明，士气高昂，成为守护益州的坚实屏障。
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