存思内视是《黄庭经》养生教育方法论的核心内容，也是上清派道教的典型修炼方法之一。要诀是合闭双目，排除干扰，消除杂念，凝神安息，存思存神，心目内视，俯视丹田，久可延寿。存思的关键是存思人体内诸神，即“八景二十四真”。而人体多神，要以五脏为主，因而“存思之功，以五藏脏为盛。”《黄庭经》十分重视存思五脏六腑神，它说“存思百念视节度，六腑修治勿念故，行自翱翔入天路。教育人们在修炼时要做到存念身中百神，呼吸上下有频律、按节次，存念脏腑之神，忘记以前的一切，这样存思内视脏腑之神达到最佳地步，便会翱翔飘逸，羽化升仙。又说“高研恬淡道之园，内视密盼尽睹真，真人在己莫问邻，何处远索求因缘。”教化人们更要珍视此法，因为存思内视不仅可以内视脏腑之神，而且经过深钻细研、恬淡寡欲，精思内视可以涉入“道之园”，深入领悟“道”之内含与真谛，方知真人、真道就在身中，何必要远求于他方呢。《黄庭经》还教育人们在运用存思内视法进行修炼养生时，还需伴随默念经书，它说“恬淡闭视内自明，物物不干泰而平，意矣匪事老复丁，思咏玉书人上清。”修炼者闭目存思，潜神入静，内观脏腑，心境自明，凝神人境，外物不干，泰和庄严，诚实无事若入此状态，就默诵玉书《上清黄庭内景经》，便会朗然洞彻，老能返壮，病能复康。
《黄庭经》对脏腑功能活动及其炼养中的意义相当重视，并特别强调了心、肾、脾在炼养中的重要意义，提出“心为国主五藏王”“五藏为主肾最尊”“胆部之宫六府精”“肺部之宫似华盖”“肾部之宫玄阙圆”“心部之宫莲含华”“六府五藏神体精，皆在心内运天经”等藏象学说的认识，有的内容对中医学基础理论的发展颇有影响。
《黄庭经》还谈到了“命门”的概念，认为命门位于两肾之间脐之后，这与《难经》“左肾右命门”的观点有所差异。 《黄庭经》中，命门又名“生门”，意为生命之门户，为人体“英华”之根本。如说“上有魂灵下关元，左为少阳右太阴，后有密户前生门，出曰入月呼吸存肾部水王对生门”，指出了命门在两肾之间，说明了命门在生理上与肾的密切关系以及与藏精气功能的密切关系。
《黄庭经》的炼养宗旨，是通过凝神于黄庭气穴，专一观想所设定的景象，配合呼吸元气、吞咽津液等法，养神固精，积精累气，积气生神，运气炼形，和合神气，结成金丹，过关服食而达到祛除百病、延年驻世的目的。其炼养原则和要领大概有以下几点：第一，凝神观想；第二，恬淡无为，顺乎自然；第三，以神、意为主宰；第四，以固守肾中精气为根蒂；第五，交媾阴阳、和合神气以凝结丹药；第六，漱咽精气、服食元气以滋养灵根、涤秽炼形；第七，顺应天地阴阳五行规律，知机识时；第八，重视道德修养。其具体的炼养方法则主要有存想下丹田；呼吸元气，息息归根；漱咽灵液，灌溉灵根；存想脏腑、官窍；随息与存想配合运用，伏气于丹田；谨慎房事，闭塞精门，固守精气。
《黄庭经》的炼养原则和方法，其理论基础是气化论，包括气本说、精气神统一说、阴阳五行学说、藏象学说、天人合一学说等，本源上与中医学的基础理论息息相通。《黄庭经》从气本说出发，把固精白守、培育和服食元气放在炼养的首位，认为将自身的真气、精液和摄入的自然界的太和元气，在神、意的主持之下和合凝结，结成丹药，还丹服食，乃是养性延命的根本所在。从精气神统一说出发，《黄庭经》认为精、气、神三宝相生相养，可以相互转化，而且气液充盛可以涤除秽浊、净化形骸。在天人合一的思想方面，《黄庭经》提出了服食宇宙自然界的太和元气和摄取日、月、星三光之气，以及修炼、颐养性命应依从自然规律、认时知机的方法和原则。在阴阳五行学说方面，《黄庭经》则提出了炼丹的基本法则和机制是和合阴阳、攒簇五行。在藏象学说方面，《黄庭经》可与中医学理论互参。
《黄庭经》是道教上清派的主要经典，包括《黄庭内景经》与《黄庭外景经》。东晋以降，道教提倡恒诵“黄庭”之法，至唐宋，社会研习《黄庭经》已蔚然成风。
《黄庭内景经》对藏象的认识与《黄帝内经》已有一些不同，如强调肾在脏中居于最重要位置，六以胆为代表而不是以胃为代表，九穿九液说，脾能固齿等。尤其书中对大脑的认识，都极大地丰富和发展了中医藏象学说。
《黄庭外景经》为内丹气功养生之经典着作，论述气功原理及功法甚详，尤其推出内观之法，进一步论述人体组织结构和脏府功用，令人耳目一新。全书分三部，上部经以论述脑及神的功用为主；中部经以论述养生原理为主，兼及五脏，心为国主，心意专精，五脏不倾；下部经以肾为五脏之主立论，以守丹田为法，进一步论述气功功法，“服食玄气可遂生”。
《外景经》的主要贡献在于以下几个方面：第一，确立了道门医学的命门位置，“上有黄庭下关元，后有幽阙前命门”。即命门位置在督脉经命门穴，在后；幽阙即神阙，在前。上接《难经》肾间动气之旨，后开道门医门命门学说之先河。
第二，论述了内丹气功内视之法，五脏经隧，由此而可观之。“正室堂前神所舍，洗心自治无败污，历观五脏视节度，六修治洁如素”。这是有文献可考的，最早的道门内视之法。这为经络学说的起源、藏象学说的形成提出了新的看法和根据，即与道门内丹修为，返观内照有密切关系。
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