《大洞真经》所说的存思之法，是上清派典型的修炼方法，南宋程公端概括此经宗旨为“存心养性以事天，聚精会神而合道”。故它既有道教健身延年的养生之道，可谓是养生之书，包含着朴素的、模糊的养生科学知识；但同时它又充满着神秘的宗教色彩，如涉及到的诸神名、所述存思过程的请神、念咒、佩符等。《大洞真经》所推崇的养生术，对健身治病的气功术仍有借鉴作用；它所称道的存思方法也对传统的民族思维具有潜在的影响。
《大洞真经》在北周武帝时被禁，后来在明代又一次被禁。
苏鲁支按：据明白云霁《道藏目录详注》，又称《三天龙书》、《九天太真道经》者乃《太上无极总文昌大洞仙经》，非《上清大洞真经》也。《真诰》谓此经为东晋杨羲撰，初仅一卷。
道教认为，道是天地的本源，生天生地生万物，人禀赋了道的灵性而得以生存。天道运行，阴阳造化，消息盈虚，日往月来，运行不息，故天长地久，人能合天心，体天道，可通神明造化之德。《上清大洞真经》经中所载天真讳名，皆与人身脏腑之神是相沟通的，人若能以神驭气，形神合一，诵持玉经，咽津服符，可致“天真下降与兆身中，神气混融，是曰回风混合，形神俱妙，与道合真，故致长生之道，可以提挚天地，把握阴阳，鞭策风雷，驱役神鬼，偃息于流霞之车，眷盼乎文昌之台。” 经中隐讳，总领人身中五脏六腑，百脉气血诸神，认为人身是一小天地，人身穴位各有神以守之，诵经修持，则自身神灵不失，与上清诸真冥和，即与大洞帝尊之体无二，复归于无极圣域 !
此经全文分三十九章，据称上清三十九帝各着经一章。如朱自英说 : “上清三十九帝皇回真下映，入兆身中三十九户，于是各由其所，贯之户着经一章，其辞幽奥，以用领括百神，招真辟非，所谓庆云开生门，祥烟塞死户者此欤。故中央黄老元素道君总彼列圣之奥旨，集成大洞之真经，故曰三十九章经也。” （见《上清大洞真经》卷一） 由此可知，上天之神与体内之神是相通的，精思修持，可以相互感应，以致天真下降，与体相契，玄芝宝生。
关于《上清大洞真经》最基本的炼养法，举例说明，以晓其《大洞真经》修真养生要旨。在修持《大洞真经》前，有多种存思集神之法，它的目的是引真致祥，与神明相感。其中有一法，每日行住坐卧，皆可修习。其法 : 心存二十四星，大一寸，如连结之状 ; 又存每星各有一人，合二十四星，皆如婴儿之状，并裸体无衣缨，此时存思二十四星从虚空中降，回绕一身之外，三匝毕，口诵祝词。
其后，口吸二十四星，一息气，咽津二十四次，时觉吞一星从口中径至脐中，又觉星光映照一腹之内，洞彻五脏 ; 又存星光化为二十四真人，并口吐黄气如烟，以布脐中，郁郁然洞彻内外。良久，用“呼”字吐息，用意念心拜三十九次 ; 次思兆身三十九户，逐一分明，各有神真严固守卫。存三十九君，各降真气来灌兆身三十九户，此时咽津三十九次，次振动左手三次，法如振流金火铃，次振右手三次，法如掷豁落七元。然后仰头摇颈九次，法承天 ; 次鼓脚一次，法履地 ; 次摇身十四次，以欢己身诸神 ; 次拭目三次，以明三光 ; 次捻鼻七次，以通呼吸 ; 次按眉后两穴三次，以塞邪源 ; 次轮耳三周，以开天窗 ; 次咽液九次，以味玉津。照前法行持毕，神气混融，周身舒畅。进入存思或诵经。
修诵《上清大洞真经》可以调和三魂，制炼七魄，能使人身三尸神沉落，炼阴返阳，致五藏光华溢于面目，百病不生，灾害消灭。返老还童，七祖罪解，上生福堂，而位列仙公，晨升上清。如《九灵真仙母青金丹皇君道君第三十九》曰 :“西元九灵气，金丹流云宫，上极旋暇曜杪，晖景太霞中，动回九天轮，静沉八流刚，室有胎仙母，携衿太帝皇，玄一灵时生，三老素牢张，左把兆符籍，右携理神宗，同登琳龙阙，稽首玉清房，拔弃死灭根，养形三五中，七祖解尸结，受福明朱方。”
九灵气，指昆仑山。金丹流云宫，王母宫名。携衿太帝皇，太微大帝，即中央黄庭。玄一灵时生，即太玄之气，使鼻息玄气凝定方为佳。琳龙阙，大洞经中所称的仙宫。稽道玉清房，是说修行至此，金丹已成，当神化自然，朝谒玉清。
据经所载，若精思此道，大开智慧，心通九天，精凝气结，化气变神，与司命混合，分形变化，玄妙莫测。即“一合我气，再合我神，三合我魄，四合我魂，五合我精，六合我身，我身六合，洞灵启真。”由此，召致十方正气，同灌真身，永与大道合一。
《上清大洞真经》强调存思、诵经，而且重视咽津服气，微祝书符，三十九章中均有一道玉符，由此反映了上清经系的修真特点及炼养法则。在道教修真诸法中，如内丹、存思、导引、服气等均与《上清大洞真经》有关，此经集诸法于一体的众术合修的炼养方法为茅山派主要修道途径。
《上清大洞真经》与《黄庭经》主重存思，诵经养神。《黄庭经》重诵经存思，而《大洞真经》集存思诵经、咽液服符及微视为一体，并且是斋醮、合炼养、书符法的一种相互兼顾的内视内观的道术，它为人们研究早期道教上清派炼养法以及道教道派的形成，提供了最有说服力的证据。
茅山派，道教符箓派别之一，上清派的别称，发源于江苏句容北茅山，奉三茅真君为祖师。分南北两派体系，南派以广东罗浮山为发展中心，东晋葛洪在此着《肘后备急方》并修道传法。汉元帝初元五年茅盈兄弟始修道于茅山，先秦时期已有展上公、郭四朝等修道传说。
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