2013年7月22日，在“第七届两岸三地食品安全与人类健康研讨会”上，陈君石指出，“我国政府部门在食品风险交流这一环节上，还有待改进。”
陈君石认为，食品监管的目标是控制风险。国际通用的食品风险分析框架由风险评估、风险管理、风险交流三部分组成。其中，风险评估是由专家完成的，这种评估不受政治、经济、饮食文化等因素的影响，评估的结果放之四海而皆准。
针对食品风险交流，陈君石建议，各级政府设立风险交流部门，给予人员、经费支持，加强与媒体的沟通，使专家的风险评估信息准确地传达到媒体、公众那里，消除专家与公众之间的信息不对称问题。 [38]
2013年7月，陈君石表示，“现在老百姓经常谈论‘我们还能吃什么？’这句话是错误的。它具有很强的误导性，往往会造成消费者的恐慌。” [39]
在7月份，陈君石参加院士联名信，他认为对转基因的误解来自于对这些程序的了解不够，陈君石说：“我从官方了解到，我国转基因信息将逐步公开。”
陈君石院士呼吁各级政府设立风险交流部门，像美国FDA、欧洲食品安全局那样，更及时、透明地向公众发布信息，从而消除专家与公众间的信息不对称。 [40]
陈君石说，“由于我们缺少政府和民间两部分专门从事风险交流的机构和部门，所以我们现在风险交流的力度非常弱，以至于消费者会造成各种各样的误解。”陈君石举了例子，“比如说转基因食品。” [41]
陈君石认为，有效传播科学信息，让消费者走出认识误区也很重要。从政府到民间都应该建立食品安全风险交流的机构和平台，加强公众对于食品安全问题的科学认识。“尽管困难重重，但重建人们的食品安全信任完全有可能。” [45]
2013年12月1日，在首届转基因嘉年华活动上，陈君石表示，目前针对转基因食品的科学实验都是预设它们是有问题的，但结果是没检测出来问题，因此他认为转基因食品可以放心食用。 [48]
陈君石表示，世界上所有国家的政府对转基因食品研发都有一套严格的规定，中国也是如此。一个转基因的作物或者动物，从实验室研究开发，一直到最后上到消费者的餐桌起码要8-10年，这是一个严肃认真的过程。陈君石认为很多人的误解来自于对这些程序的了解不够，“我从官方得到的消息是，所有这些流程和程序会更加透明，逐步公开。”
陈君石还说，转基因是现代生物技术，把外来基因转到原有的东西里面。实际上，农业上任何一个新品种的出现一定是基因改变的结果，包括杂交水稻。我们吃进去的粮食里边都有基因，到了胃里消化时是不区分基因和转基因的。基因不可能整合到人的身体里，人吃猪肉就会变成猪吗？ [49]
问及转基因作物评估与传统作物的不同，陈君石答：目前，针对转基因作物，大多数国家都建立了特定系统来严格评价，而对传统作物一般不开展类似评价。因此，这两种作物，在投放市场前的评价程序存在差别，转基因作物的安全性评估远比传统作物严格。 [50]
被问及“”为什么转基因争议这么大”，陈君石院士说：食品安全大家都很关注，转基因项目投入资金不少，但科普这块儿不多，而且现在还被停止了，导致公众认识不足，出现现在这个局面。这本来是一个科学问题，但现在不是一个科学问题了。在这个问题上，科学家被打败了。 [51]
针对转基因食品的安全问题由哪些部门来管理的问题，陈君石院士表示，国务院规定农业部负责所有转基因作物和动物的研究、开发、试验等等，但卫生部门的科学家也会参与到安全性的评价中。比如中国疾病预防控制中心营养与食品安全所，还有国家食品安全风险评估中心，“所以这不仅仅是农业部或者是卫生部门的事，国务院其他部门也有参与。” [108]
2014年1月，陈君石院士认为，媒体的错误报道对大众健康带来的风险远远大于食品安全问题本身。信息的不对称、食品科学知识的匮乏是造成媒体误导的重要原因。 [53]
2014年4月，针对花生油打着非转基因旗号，陈君石表示，这一行为是不正当竞争行为，是企业迎合舆论误导消费者消费行为的一种手段。 [55]
2014年6月8日，陈君石院士接受《中国食品安全报》采访，被问及“解决我国食品安全问题的根本途径”，陈君石表示：没有规模化的生产就不可能规范化，更谈不上标准化。生产结构要发生根本性的改变，才能够从根本上解决我们的食品安全问题。 [109]
陈君石指出，自己曾经说过的“食品安全方面中国是全世界监管力度最强的国家”系被断章取义的误读，目前中国的食品抽样检验数量是全世界最多的，但不应过度依赖抽样检验，针对食品安全问题，不仅要政府监管，更需要食品生产经营者诚信守法。 [87]
2015年6月，陈君石说，“微信上的一些自媒体，已成为谣言和不实信息的“放大器”。这些谣言对实际生活和社会产生的危害远远超过所谓风险对人们健康的损害。” [64]
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