增派援兵的旨意下达后，于谦并没有放松警惕。他知道，仅仅增派援兵是远远不够的。明朝的卫所制度到了正统年间已经严重废弛，士兵战斗力低下，军官中饱私囊，屯田制度遭到破坏，粮草短缺。这些问题不解决，即使增派再多的军队，也难以抵御瓦剌的进攻。
第二天一早，于谦就来到兵部衙门，召集各司官员议事。他首先提出要整顿卫所制度，清查屯田，严惩贪污腐败的军官。
“于大人，此事恐有不妥。”兵部尚书邝埜皱了皱眉，说道，“卫所制度沿用已久，诸多弊端积重难返。而且，很多军官都是勋贵之后，背后有朝中势力支撑，贸然清查，恐会引起朝野震动。”
邝埜是个老成持重的官员，虽然忠心耿耿，但做事过于保守。于谦理解他的顾虑，但他更清楚，现在不整顿，日后就更难整顿了。
“邝大人所言极是，此事确实困难重重。”于谦点了点头，语气却依旧坚定，“但正因如此，才更要尽快整顿。卫所是大明的根基，根基不稳，何谈抵御外敌？至于那些勋贵之后，只要他们触犯军法，就必须严惩不贷。臣相信，陛下和三杨大学士会支持我们的。”
随后，于谦详细阐述了自己的整顿方案：首先，清查全国卫所的士兵人数，严惩虚报冒领军饷的军官；其次，恢复屯田制度，将被军官侵占的屯田归还给士兵，鼓励士兵开垦荒地，保障粮草供应；再次，加强士兵训练，制定严格的训练制度，提高军队战斗力；最后，严惩贪污腐败、克扣军饷的军官，整顿军纪。
与会官员们议论纷纷，有人支持，有人反对，还有人犹豫不决。反对者主要是担心得罪勋贵势力，给自己带来麻烦。
“于大人，整顿卫所固然重要，但此事牵扯甚广，不如循序渐进，逐步推进。”兵部右侍郎丁铉说道。
“丁大人，时间不等人啊！”于谦沉声说道，“瓦剌部正在不断壮大，留给我们的时间不多了。循序渐进，只会让弊端越来越严重，等到瓦剌大军南下，一切都晚了！”
他顿了顿，继续说道：“此事我意已决。我会亲自起草奏折，向陛下详细说明整顿卫所的必要性和具体方案，同时恳请陛下赋予我便宜行事之权。至于那些敢于阻挠整顿的人，无论是谁，我都会一查到底，绝不姑息！”
见于谦态度如此坚定，官员们也不敢再过多反对。毕竟，于谦刚刚得到陛下和三杨大学士的支持，此时得罪他，绝非明智之举。
当天下午，于谦就将整顿卫所的奏折递了上去。奏折中，他详细列举了卫所制度的种种弊端，分析了整顿卫所的必要性和紧迫性，同时提出了具体的整顿方案。
朱祁镇看过奏折后，召集三杨大学士和邝埜等人商议。杨荣等人都认为于谦的方案切实可行，支持于谦整顿卫所。朱祁镇最终同意了于谦的请求，赋予他便宜行事之权，让他负责整顿全国卫所。
得到陛下的授权后，于谦立刻开始行动。他首先从京师周边的卫所入手，亲自带领兵部官员前往卫所清查士兵人数和屯田情况。
一开始，很多卫所的军官都抱着侥幸心理，试图蒙混过关。他们虚报士兵人数，隐瞒侵占屯田的事实。但于谦早已做好了准备，他提前派人暗中调查，掌握了大量的证据。
在通州卫，于谦当场查获卫指挥使张某虚报士兵两百人，侵占屯田五百亩，克扣军饷达三千两白银。张某见事情败露，连忙跪地求饶，还拿出大量金银珠宝贿赂于谦。
“大胆张某，竟敢虚报冒领，侵占屯田，克扣军饷！”于谦怒不可遏，厉声喝道，“你可知，你的所作所为，不仅损害了朝廷的利益，更让士兵们寒心！士兵们连肚子都填不饱，如何为国效力？如何抵御外敌？”
于谦当场下令将张某拿下，押解回京，交由刑部审理。同时，他将张某虚报的士兵人数补齐，侵占的屯田归还给士兵，克扣的军饷全部补发到位。
通州卫的事情很快传遍了京师周边的卫所，那些原本抱着侥幸心理的军官们都吓破了胆。他们纷纷主动坦白问题，退还侵占的屯田和克扣的军饷。
于谦趁机加大整顿力度，将整顿范围扩大到全国各卫所。在整顿过程中，他铁面无私，不徇私情，无论是勋贵之后，还是朝中大臣的亲信，只要触犯军法，一律严惩不贷。
一时间，朝野上下震动不小。很多勋贵和朝中大臣都对于谦怨声载道，纷纷在朱祁镇面前诋毁于谦，说他专横跋扈，滥用职权，破坏朝纲。
王振更是把于谦恨得牙痒痒。之前于谦在陛下面前驳斥他，让他颜面尽失，现在于谦又整顿卫所，触动了很多勋贵的利益，而这些勋贵大多是他的党羽。王振多次在朱祁镇面前说于谦的坏话，试图陷害于谦。
“陛下，于谦近年来权势日盛，独断专行，整顿卫所时牵连甚广，得罪了不少勋贵大臣，长此以往，恐会引起朝野动荡，不利于国家稳定啊。”王振在朱祁镇面前挑拨道。
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